台灣中研院生醫所何美鄉教授則對說，台灣政府開放「萊豬」進口，該是宣示台灣食品檢驗標凖與國際同規：「為了要落實人民對『萊豬』的選擇權，豬肉的來源在上、中、下游的食品通路，都有明確的記錄與標示。至於兒童午餐、與軍人夥食等這類團膳，終端食用者卻沒有機會執行他們個人的選擇權，所以這類團膳，排除食用萊豬是最簡單的方法。」
無論結果如何，此次公投在台灣已經掀起激烈的「藍綠對決」。
台灣東海大學政治系教授張峻豪對BBC中文說，他不認為此次公投完全是台灣政治民粹化的結果。他分析說，國民黨在去年總統選舉大敗，韓國瑜被罷免後，終於在最近成功動員並罷免了來自主張「台獨」政黨的陳柏惟，此刻將趁勝追擊，在公投案試圖繼續挫傷民進黨。另一方面，蔡英文總統也要試圖在此次公投全力動員，避免公投結果落敗，導致2022年開始，也就是就任半途就「執政跛腳」，此次公投是藍綠動員操兵的戰場。
台美關係
台灣智庫中經院「台灣東南亞國家協會研究中心」主任徐遵慈之前向BBC中文解釋，《台美貿易暨投資架構協議》（TIFA） 一直是目前台美之間最重要的官方經貿議題諮商平台，而美豬、美牛等議題一直是TIFA下多年討論的問題。但她當時也說，重啟TIFA後是否能繼續發展至洽談《台美雙邊貿易協議》（BTA），或甚至進入《台美自由貿易協議》（FTA），還有一大段距離，「因為不論BTA或FTA都涉及開放市場與關稅談判，都是更複雜且敏感的工作。」
華府智庫「德國馬歇爾基金會」亞洲計劃主任葛來儀（Bonnie Glaser）則在最近一場會議向民進黨人士分析稱：「假設這項公投（反萊豬）通過，我們可能會再次回到沒有《台美貿易暨投資架構協定》（TIFA）會談的狀態。」她說，反萊豬公投或通過，可能造成台美貿易致命性的衝擊，外界可能會從美國貿易代表署聽到的是：「正如我告訴過你，台灣根本不是一個可靠的貿易夥伴。」
對此，台灣行政院經貿談判辦公室回應葛來儀發言時，稱其說法「相當反映現在美國產官學界之看法。」
台灣外交部則說，台灣是否接受國際標凖並履行承諾，是進入CPTPP 等國際經貿機制及國際組織時，「各國觀察台灣的重要指標」。
環保問題浮上台面
此次公投有兩項都是攸關重大的環保議題。
其中親國民黨人士要求重啟台灣停擺已久，位於新北市偏鄉貢寮的第四座核能發電廠（核四），引發激烈辯論。
