Sigal和其他研究過基因組的人說，Omicron很可能在突然出現之前已經發展一年多了。Omicron是從現在已幾乎消失的被稱為「B.1.1」的舊型毒株演變而來。這種病毒可能在很多個月的時間裡潛伏在一個免疫功能低下的人身上，或許是一個愛滋病毒感染者/愛滋病患者，然後慢慢進化而來。
11月11日採集到第一批已知的Omicron樣本：一份是在約翰尼斯堡和普利托利亞所在的南非豪滕省，另外四份來自訪問鄰國波札那的外國外交官。
同日，一名36歲男士從南非出發、前往檢疫規定極其嚴格的香港。11月13日，他在入住的指定隔離酒店接受檢測，證實他是最早的Omicron感染病例之一。
五天后，住在走廊對面房間的一名62歲男士核酸檢測也呈陽性。香港大學（University of Hong Kong）感染及傳染病科講座教授袁國勇說，這名62歲男士也感染了這種變體病毒，而且這兩個樣本的基因組非常接近，顯然其中一人是從另一人身上感染的病毒。袁國勇為香港政府的疫情應對工作提供顧問服務。
但袁國勇稱，閉路電視監控顯示，這兩位男士從未見過面，沒有同時開門，也沒有共用任何物品，只是接觸過穿著全套防護裝備的酒店工作人員。袁國勇說，最大的可能性是，他們其中一個酒店房間的空氣擴散到走廊，另一個人開門時吸入了帶有病毒的空氣。
袁國勇調查了香港其他幾宗疑似隔離酒店傳染案例，他的初步結論是Omicron具有高度傳播性，可能比德爾塔變種病毒的傳染性更強。
我們再回過頭來看南非的情況。官員們注意到豪滕省病例數量迅速增加。11月11日，即南非第一個已知Omicron病例確診的日期，豪滕省有120個新增感染病例，新增感染病例數量為疫情暴發以來最低水平。到周日11月14日，該省的每日新增病例已躍升至2,308例。對這些病例進行的一種聚合酶連鎖反應（polymerase-chain-reaction, 簡稱PCR）測試顯示，幾乎所有病例都出現了同樣的異常情況：主流德爾塔變種病毒中的S基因信號缺失。
而且與以前每100個測試中只有不到一個呈陽性的概率相比，現在每五個測試中就有一個顯示陽性，這表明感染新冠病毒的實際人數要高得多。
de Oliveira說，過去幾周，南非可能有數萬人感染了這種新的變種病毒。他作出這一估測的依據是檢測結果呈陽性的比例很高，以及他傳達給Sigal的顯示同樣的S基因異常情況的數字。
de Oliveira說，他和南非總統拉瑪佛沙（Cyril Ramaphosa）在上周四結束會議時都知道公開新變種病毒可能會引發的反應。各國會對來自南非的旅行者關閉大門，使南非本就受到重創的經濟再受打擊，特別是旅遊業。希望在聖誕節期間與海外親人團聚的南非家庭也無法如願。
