當然這場爭論之所以如此受重視，和當時余英時對於錢新祖的嚴厲批評有關，余英時認為錢新祖寫作此書不過是提供了「一個自己玩遊戲的便利」，認為「書中大多數討論常常拐彎抹角，在形而上學的領域天馬行空，以至於往往弄不清楚如何把它們同晚明中國思想世界的實際聯繫起來」，余英時繼而寫道：「為了確定它們的精確含義，我被迫逐條考察這些好高騖遠的議論的文獻依據。在枝枝蔓蔓的尋尋覓覓中，我不知不覺地深陷於一個研究項目之中。結果，我幾乎重新研讀了焦竑所有的基本作品，以及與他相關的晚明時期文獻。」所以余英時的批評文章差不多已是「焦竑思想世界的重訪，而不只是針對該書的一篇評論」。
葛兆光後來在一次講課中，曾經以2人的爭論為例，討論思想史研究中的若干方法，葛兆光指出，余英時對錢新祖的批評中，最讓錢氏無法正面回應的就是第2節裡批評他在描述焦竑「這個人」的時候，主要依靠了《明史》和《明儒學案》，而這2本書已經被證明通常是不全面或不精確的，余英時同時指出錢新祖並沒有去尋找「當時的一些原始資料」，「對於歷史學家來說，在方法論上重視二手資料而忽視當時人的記述，是說不過去的」。
當然也有許多後輩看待當年余英時和錢新祖的這場論戰，硝煙味的感覺要少了很多，比如錢新祖曾經的學生傅月庵便在悼念錢新祖的文章中說：「錢先生的學問到底如何？我跟他從學時間很短，也沒花過力氣去探查，講實在話，一無所悉，更難窺堂奧之妙。然而從惹得余英時先生願意以他為『對手』，費氣力寫文章加以辯論一事推測，想來也非等閒之輩，應該是有相當的功力與修為才對。」
＊作者為清華大學社科學院全球化研究中心研究員，《陳寅恪研究》主編，著有《王國維與民國政治》。本文選自作者著作《余英時傳》（印刻出版）
