當然錢穆對中央研究院直到60年代才正式推舉他當選院士，是極為不滿的，1959年他在寫給余英時的信中說：「此次中央研究院推選院士，台北方面事先亦有人輾轉函告，窺其意似亦恐穆有堅拒不接受之意，惟最後結果據聞乃提出鄙名而未獲多數通過。穆對此事固惟有一笑置之。穆一向論學甚不喜門戶之見，惟為青年指點路徑，為社會闡發正論，見仁見智，自當直抒己見。凡屬相邀作公開講演，此事亦當有一些影響，穆豈能閉拒不應，又豈能自掩其誠，為不痛不癢不盡不實之遊辭，而俗人不察，卻以私關係猜度，穆亦唯有一笑置之而已……數月前嚴君耕望來信，亦甚道胡君對穆著書極表同意云云，其意似亦謂穆於胡君或有所誤會，實則穆之為學向來不為目前私人利害計，更豈有私人恩怨夾雜其間。」雖然錢穆在信中屢次表示「惟有一笑置之」，但是終究對此耿耿於懷。
當然往事已經過去，錢穆和余英時自此與台灣冰釋前嫌，也正是從余英時當選院士這段時間開始，余英時頻繁的在香港的《明報月刊》和台灣《聯合報》副刊、《中國時報》人間副刊發表長篇文章，涉及政治和學術，影響越來越大，最典型的例子則是同時期出版的《歷史與思想》，截止到2006年出版30年之際已經加印了25次，堪稱台灣歷史上第1學術暢銷書。中央研究院近代史研究所所長黃克武在一次訪談中聲稱：「在台灣，像我這樣年齡的人，大多經歷過英雄崇拜的時代，最崇拜的是：梁啟超、胡適、余英時。」
余英時在《明報月刊》、《中國時報》人間副刊經常發表的都是皇皇大文，經常分好幾次刊登，比如1975年在《聯合報》上發表的〈中國現代的民族主義和知識分子〉，1976年發表在《明報月刊》上的〈反智論與中國政治傳統〉，隨後此文又在《聯合報》連載8天，再如1976年發表的〈「君尊臣卑」下的君權與相權——〈反智論與中國政治傳統〉餘論〉，在《聯合報》上連載5天，再如1979年發表在《中國時報》上的〈從「反智論」談起〉，如此種種，不一而足。
與錢新祖的論爭
這一時期能夠鮮明體現余英時「轉向東方」的學術轉軌，是其與錢新祖之間的論戰，1986年錢新祖在哥倫比亞大學出版了《焦竑與晚明新儒思想的重構》（Chiao Hung and the Restructuring of Neo- Confucianism in the Late Ming），兩年後余英時撰寫了長文嚴厲的批評了這本書，錢新祖也撰文回應，但是回應沒有針對余英時的批評，因此顯得很沒有說服力。
後來的研究者指出，余英時和錢新祖之間的爭論，是80年代明史研究領域裡最大的爭議，當時余英時認為錢新祖的許多觀點是空洞的，運用了不相關的「現象學、結構主義對話」的方法，余英時認為思想史研究應當建立在對一個個人物特有思想復原的基礎之上，而錢新祖的思想史研究卻形成於一個自我封閉、只有一個個抽象概念的世界裡，余英時同時認為，正是由於錢新祖對明朝思想史之瞭解過於淺薄，其所謂明末清初陸王學派壓倒程朱學派之結論也是錯誤的。錢新祖隨即作了回應，他在文章題目中使用了兩個新的自造詞彙，這種「後現代主義」態度正是余英時所批的，在文章中錢祖新反對余英時對於原始史料的強調以及應重視思想史之獨創性的觀點。
