然而蔣介石不只認定陳儀不必負責，還出言辯護其「善盡職守」，甚至以「鎮壓叛亂異常出力」記大功二次給予嘉獎。後來在輿論壓力下，不得不將陳儀撤職，不過旋升任為浙江省主席。〔33〕顕然陳儀所作所爲都符合蔣介石的心意，亦即蔣介石須擔負陳儀的罪責。後來陳儀要投共，而被蔣介石處死，竟然有人說，殺陳儀是蔣介石為台灣人報仇。
5.認可白崇禧違法下令以軍法處死台灣菁英。在1948年2月25日白崇禧給蔣介石的報告，自己承認說：「當職奉命赴台宣慰時，該省警備總司令部請對暴亂案內人犯，暫由軍法審判以資鎮懾。經職一再權衡，……准如所請，將暴亂案內人犯得依《戒嚴法》第九條規定，自行審理。」［34］
21師登陸後，陳儀就開始大量逮捕台灣菁英，並在3月11日及13日把已逮捕的名單呈送蔣介石。到3月17日白崇禧抵達台灣，陳儀及柯遠芬立即向他請示，要如何處置這些人。白崇禧為了「鎮懾」（鎮壓及嚇死）台灣人，因此下令用「軍法自行審理」。那時候軍方的認知是，軍法自行審理就可隨意處死犯人。
對此，參謀總長陳誠極不贊同，早在1947年6月16日送簽呈給蔣介石：「該省前次事變情形，似僅合於《戒嚴法》第14條之規定，應交由司法機關審判。惟據該部電稱，係遵照本部部長蒞台時所頒，該省在戒嚴期內准予適用《戒嚴法》第9條之命令辦理。」蔣介石的幕僚也提醒說：「惟台灣並非接戰地域，自無適用此項條文之餘地。且同法第14條又明白規定，國內遇有非常事變對於某一地域施行戒嚴時，在該戒嚴地域內不得侵害司法機關之職權。」［35］蔣介石接受白崇禧的違法殺害台灣菁英，不予申斥或處分，意即蔣介石要負起這些責任。
參與事件者事後都加官晉爵
6.隱瞞逮捕施江南醫師，即為謀殺台灣菁英的共謀。施江南醫師發起民間募款，接濟滯留南洋的台籍兵返回故鄉，很得大家的欽佩。施江南於3月11日被軍人逮捕，不知下落。施江南的大女兒於5月13日寫了一封以「北一女中學生施玲玉」具名的陳情書給蔣介石。蔣介石經由其參軍處回覆說：「因時過境遷，經派員多方偵查毫無結果。復查本部案卷內，並無受理施江南案件，所屬各綏靖區及憲警機關查報拘捕暴亂人犯，亦無施江南其人。且查事變起至3月15期間，全省陷於混亂狀態，奸黨暴徒仇殺狙擊無法防制。」［36］
事實上，3月11日及13日陳儀送給蔣介石的兩份已逮捕人犯名單上都有施江南的名字，怎可欺騙「並無受理施江南案件」，還把謀殺的責任推給「奸黨暴徒」呢？顕然蔣介石知道是非法逮捕，所以必須遮掩，可見蔣介石是共謀。［37］
