3.派大軍鎮壓，對台灣民眾展開報復行動。3月3日蔣介石立即命令江蘇崑山的駐軍「開台平亂」，且於3月5日通知陳儀：「已派步兵一團並派憲兵一營，勿念。」［13］依照蔣介石的指示，參謀總長陳誠也在3月5日報告：「已令21師劉師長率師部及146旅之1個團即開基隆」、「著憲兵第4團駐福州之第3營即開台灣歸制」及「著憲兵21團駐福州之1個營即開基隆」。［14］蔣介石更於3月8、9日連續兩天召見21師師長劉雨卿，親自指導如何鎮壓台灣人。［15］
3月9日下午劉雨卿由南京乘專機飛台灣，旋即晉見陳儀，轉達蔣介石必須「面詳一切」的交待，很可能是鎮壓的秘密指令。［16］3月8日蔣電告陳儀「今日情勢如何，無時不念，望每日詳報。茲已派海軍兩艘來基隆，約9、10各日分期到達，21師第2個團定明9日由滬出發。」蔣介石同日又詳細指示陳儀：「各處倉庫所存械彈約有幾何，請詳報。與其為暴徒奪取，不如從速燒燬。此時應先作控制台北、基隆二地之交通、通信，與固守待援之準備。台南則固守高雄與左營，勿失為要。日內即有運輸登陸艇二艘駛台，可派其作沿海各口岸聯絡及運輸之用。基隆與台北情況，每日朝、午、夕作三次報告為要。」［17］。
由蔣介石的細膩指揮，足見是他主導這次派兵來台灣的軍事運作。3月9日上午，陳儀根據蔣的電令：「斷然戒嚴，制止動亂」，在21師抵台後，再次宣布戒嚴，軍、警、特展開無情的屠殺。［18］
林木順在隔年2月，把當時二二八的情況記錄在「台灣二月革命」一書。他見證，由中國來的士兵們竟然說：「上頭准許我們來殺他們，這幾天來，殺得真痛快！還得再殺，殺光了，看他們還能造反不成？」如果不是蔣介石的命令，沒有將官敢縱容他的部屬如此亂來。3月27日抵達台灣調查的監察委員邱念台，在4月11日給院長于右任的報告也證明：「3月8日以後，軍警擴大屠殺。」［19］邱念台實地調查，發現非常多台灣人無辜受害，就把二二八定調為「屠殺」了。
3月12日中統局報給蔣介石的情報指出：「9、10兩日國軍絡續開到，警察及警備部軍士即施行報復手段，毆打及拘捕暴徒，台民恐慌異常。」［20］大軍展開報復行動，在基隆還沒上岸就用機關槍掃射，浮屍遍佈基隆港，殺向台北，及繼續往南挺進，台灣人非常恐慌。除了在台中及嘉義有小規模衝突外，黨軍沒有遇到有組織的抵抗，卻報復性地胡亂殺人，把台灣民眾當成敵人。
蔣介石看到這份情報，擔心黨軍的「報復手段」會遭受指責，也就於3月13日電令陳儀：「請兄負責嚴禁軍政人員施行報復，否則以抗令論罪。」但這是馬後炮，裝腔作勢而已，因為主要的屠殺已完成了。［21］黨軍的軍紀非常不好，很多這種治軍的吩咐，不被軍頭們所重視。
