台灣獨立的主張，自然是踩到了日本人的政治大忌，於是台灣總督府先發制人，派出專門對付共產主義者的特別高等警察將參加台灣農民組合，還有台灣文化協會等運動的台灣共產黨員一網打盡。謝雪紅在1931年6月26日的落網，標誌著台灣共產黨運動的瓦解，而此時此刻的台灣文化協會領導幹部也都身兼台灣共產黨的領袖，也只能跟著台灣共產黨一起瓦解。
祖國派與國際派的爭鬥
雖然蔣渭水名義上是「右派」，並且也因為不滿左派對台灣文化協會的掌控而脫離了台灣文化協會，另外組織台灣民眾黨，可實際上他的「右」跟連溫卿的「左」一樣不可靠。原來本身中華意識強烈的蔣渭水，就以「台灣的孫中山」自居，在得知孫中山先生在大陸實施聯俄容共政策後，也開始深受扶助工農的左派思想吸引。
再加上台灣總督府對議會設置打壓不餘遺力，始終不願意把「本島人」視為與「內地人」平等的同胞看待，於是讓他對體制內改革路線大失所望，慢慢走上與殖民當局分道揚鑣的道路。不過與台灣共產黨等左派人士不同，蔣渭水的祖國情節仍然強烈，不主張台灣獨立建國，而是希望台灣最終能重新回到中華民國的懷抱。
這也是為什麼由蔣渭水成立的台灣民眾黨，先後使用的兩面黨旗都有青天白日滿地紅國旗影子的原因，尤其第一面黨旗更是直接採用「上青下紅中央白日」黨的設計。日本殖民政府最害怕的，就是台灣人的祖國意識，看到台灣民眾黨採用與中國國民黨一樣白日搭配12道光芒的設計，自然是給予更激烈的打壓，迫使蔣渭水又設計第二面黨旗。
第二面黨旗放棄了白日搭配12道光芒的圖案，卻直接採用更接近青天白日滿地紅國旗的樣式，只是將中間的白日改由3顆白色星星取而代之。3顆星星分別代表「確立民本政治、建設合理的經濟組織、改廢社會之缺陷」等台灣民眾黨的3大綱領。為了不要給台灣總督府鐵腕鎮壓的藉口，台灣民眾黨沒有台灣回歸祖國的公開主張。
不過整體而言，台灣的抗日鬥爭路線從台灣文化協會爆發左右分裂開始，就成為了祖國派與國際派之間的內部鬥爭。「祖國派」希望在爭取台灣脫離日本之後回歸中國，國際派則主張台灣脫離日本後獨立建國。理論上來講，蔣渭水的路線更偏向大陸的中國國民黨，可實際上蔣渭水已經左傾，和宣佈清黨之後的蔣中正雖然同樣姓蔣，卻早就不再是同路人。
台灣民眾黨的終結
就如同中國共產黨，後來出來了一個本土派領袖毛澤東，把以博古還有王明為代表的國際派通通鬥倒一樣，蔣渭水本身與台灣共產黨的其他領袖一樣都是左派，只是在左的同時他還強調民族認同。換言之，台灣民眾黨和台灣共產黨的路線之爭，我們其實同樣可以視之為中共本土派與國際派路線之爭的濃縮版。蔣渭水走的，其實就是台灣左派領袖的毛澤東路線而已。
