這種情況使所有力求為國家建立良好名譽的人士大為震驚，最後改革的時刻終於到來。天皇剛簽署了一份徹底調整福爾摩沙行政制度的提案，讓正直而有能力的人逐漸取代那些仍在島上占據太多公職的掠奪者與無能者。除了總督以外，據傳最近這些事件的可能犧牲者之一不外乎拓殖務大臣高島子爵。針對這個議題，重要日報《日本新聞》刊文寫道：「我們有拓殖務大臣只是因為我們擁有福爾摩沙；若以具體成效評斷，廢除這個職務不會造成什麼困擾，因為拓殖務省的大爺們成天無所事事，反觀外務省人員卻終日忙著處理國民移民夏威夷、巴西、墨西哥及南方島嶼的事務。」無庸置疑，確實的改革是當務之急：現有流弊如果持續存在，不僅將導致日本與其新子民之間出現重大矛盾，還將嚴重損及日本作為殖民民族在世人眼中的名聲。務須及時遏阻這些危險，否則日後可能出現非常嚴重的後果。
儘管如此，在日本殖民期間，叛亂活動仍舊持續上演，因而法國的報紙偶爾會報導殖民當局與台灣民眾（尤其是原住民）之間的零星戰鬥。例如一九○二年二月五日的《吉爾布拉日報》（Gil Blas）刊登了以下報導：
根據台北方面的消息，福爾摩沙的居民在十一月二十四日（一九○一年）攻擊台北政府辦公廳，以及樸仔腳支廳，殺害二十名公務員以及他們的家屬。同一天，另一幫人攻擊東石港，不過被駐軍擊退。
一九一四年三月二十二日的《明鏡》（Le Miroir）畫刊也有報導：
日本人在福爾摩沙是嚴厲而粗暴的主宰者，不過他們也有賢明的一面。殖民福爾摩沙十八年來，日本人在海岸地區的建設成果有目共睹，不過在內陸地區，過去在漢人進逼下不斷造反的番人現在也竭力反抗日本統治。最近又發生一場起義行動，但遭到當局強力的血腥鎮壓。（……）
日本人很聰明，他們一下就明白他們對福爾摩沙的年老住民不能有任何指望；因此，他們沒有浪費時間把歐洲文明間接強加在這些人身上，只是設法確保他們不會擾亂社會。反之，他們將所有精力灌注在兒童教育，因為他們認為兒童是未來的合作者。無數學校在全島各地成立，日本教師在學校中展現令人尊敬的權威，雖有強硬的一面，卻不至於太嚴苛。
十五年後，殖民當局的努力仍不足以平定整個台灣島。持反殖民立場的法國共產黨報《人道報》（L’Humanité）在一九三○年十月三十一日撰文抨擊發生在霧社山區的「霧社事件」。這是整個日本治台時期最血腥的戰鬥之一。事件導致賽德克族原住民數百人喪生，日本人有一百餘人死亡，日軍甚至動用了化學武器。
來自日本的官方新聞顯示，福爾摩沙島上由於土著起義反抗日本帝國主義，爆發非常嚴重的戰鬥。
