二十世紀時，發生了兩件事，給了世人意想不到的機會，得以解開部分謎團，修正一部分有關成吉思汗的記載。第一件是破譯出古手稿，手稿裡含有珍貴且已佚失的成吉思汗生平史料。在這之前數百年裡，儘管對蒙古人懷著偏見和無知，但一直有學者表示，曾因為偶然的機緣見過傳說中的那份有關成吉思汗生平的蒙古文原稿。這些傳聞，就像有人說親眼見過稀有動物或據認已絕種的珍禽一樣，引來的是懷疑而非學術研究。終於，十九世紀時，北京出現一份以漢字書寫的文獻。學者輕易就可認出文獻中的字，但字本身毫無意義，因為撰寫者取這些漢字的音，來表達十三世紀的蒙古語發音，以譯音方式記錄下這份文獻。學者只能讀懂每一章裡所附的一小段中文摘要；這些摘要對於正文裡的內容，給了引人入勝的提示，但仍是無法理解文獻本身。這份文獻像謎般難解，學者因此稱之為《蒙古祕史》，此名稱一直沿用至今。
二十世紀大部分期間，在蒙古境內，破解《祕史》一直有殺頭的危險。共產當局擔心人民受到這份文獻老舊、不科學、非社會主義觀點的不良影響，不讓人民接觸。但以《祕史》為核心的地下學術運動悄然興起。在乾草原的游牧民族帳篷裡，這份新出土的歷史，以口耳相傳的方式，在人與人之間，帳篷與帳篷之間暗地裡流傳。最後，他們有了以蒙古人觀點敘述民族事蹟的歷史。蒙古人遠非只是騷擾周遭先進文明的蠻族。對蒙古游牧民而言，《祕史》所揭露的內容似乎出自成吉思汗本人之口；成吉思汗回到他的子民身邊，帶給他們希望和鼓舞。經過七百多年的沉寂，他們終於能再聽到他的話語。
雖有共產政權以公權力壓迫，蒙古人似乎打定主意，不想再失去這些先人遺言。一九五三年史達林去世後，蒙古當局放寬政治活動的限制，一九六一年蒙古進入聯合國。蒙古人一時之間大受鼓舞，覺得可以放手重新探索自己的歷史。一九六二年，蒙古國準備了一系列郵票，打算用以紀念成吉思汗八百年誕辰。蒙古政府第二號領導，鐵木兒—奧其爾（Tomor-ochir），批准在斡難河（Onon River，今鄂嫩河）邊豎立一座混凝土紀念碑，以標明成吉思汗的出生地。他還主辦學術會議，邀請學者評價蒙古帝國的歷史功過。紀念碑上所勾勒的簡略線條和郵票上所印出來的圖案，都是成吉思汗那柄已經遺失的蘇勒德，即他用以征服各地和他靈魂安息之處的那柄馬鬃「靈旗」。
經過了將近八百年，這個蘇勒德對於蒙古人和他們所征服過之部分人民的人心，仍有非常深刻的意涵；因而，在俄羅斯人眼中，光是將它呈現在郵票上，就是民族主義復活和潛在侵略意圖的表現。蘇聯擔心這個附庸國追求獨立，或者更糟糕的，靠向蒙古鄰國中國（這時中國與蘇聯的關係已由友好轉為敵對），所以蘇聯異常憤怒。蒙古共產當局禁止此套郵票發行，鎮壓學者。當局以鐵木兒．奧其爾表現出共黨官員所謂「試圖將成吉思汗角色理想化的傾向」，犯了叛國罪，而將他革職，流放內地，最後用斧頭將他砍死。肅清黨內異議分子之後，共黨將矛頭指向蒙古學者的著作，將他們扣上反共黨分子、中國間諜、陰謀破壞者或敗類的罪名。當局接著展開反民族主義運動，將考古學家珀利（Kh. Perlee）關入獄中，讓他飽受折磨，原因就只是他身為鐵木兒—奧其爾的老師，以及偷偷研究蒙古帝國的歷史。老師、史學家、藝術家、詩人、歌手，只要和成吉思汗時代的歷史扯上關係，就惹來殺身之禍。蒙古當局祕密處決了其中一些人，其他學者丟了工作，連同家人被趕出家門，承受嚴酷的蒙古氣候。當局還不准他們就醫，許多人被送到國內不同地方，流放到廣闊無垠的蒙古大地上。
