以俾路支解放軍為首的尋求俾路支省獨立的恐怖組織更是明確表示中國就是他們的目標。2020年8月，活躍在俾路支省的俾路支民族自由運動聯盟，（包括「俾路支解放軍」、「俾路支解放陣線」、「俾路支共和軍」等分離主義組織）和信德省的信德得什自由軍團宣布結盟，指責中國「擴張主義」，佔領當地的資源。
他們在聲明說：「信德省和俾路支省一樣受到中國擴張主義決心和壓迫性決心的影響。……通過中巴經濟走廊（CPEC），中國旨在征服信德省和俾路支省，並佔領從巴丁到瓜達爾的海岸和資源。」
巴丁位於信德省，瓜達爾位於俾路支省，都是巴基斯坦的沿海城市。
8月20日，在位於巴基斯坦俾路支省的瓜達爾東灣快速路計畫，載有中國人員的車隊遭遇自殺式炸彈攻擊，造成1名中國人員受輕傷，2名當地兒童死亡，多人受傷。事發幾小時後，「俾路支解放軍」宣稱對此事負責，並聲稱「對中國工程師車隊進行了一次自我犧牲的攻擊」。
7月28日，巴基斯坦南部重鎮卡拉奇發生一起針對中國公民的槍擊事件，至少造成一名中國公民受傷。「俾路支解放陣線」後來宣稱對攻擊負責。俾路支解放陣線在聲明中還表示：「在開發計畫的外衣下，中國不僅勾結巴基斯坦政府一同掠奪俾路支省的資源，而且還協助巴基斯坦政府迫害俾路支省民眾。」
今年3月，還是在卡拉奇，一個信德省分離主義組織曾在一起槍擊案中打傷了一名中國公民。……
在此之前，俾路支和信德省的分離組織也針對中國人和目標發動過多起攻擊。
分析人士認為，這些分離組織的結盟雖然不足以讓中國和巴基斯坦政府撤下「一帶一路」的旗艦計畫，但是，這一定會大大增加這些計畫的安全成本。
有分析認為，中國不得不發展與神學士的關係，部分原因可能是為了緩解這些問題，但問題是如此嚴重，連「神學士」領導人也無法控制，雖然「神學士」承諾絕不允許任何組織利用阿富汗領土對中國或其他國家發起攻擊。聯合國安理會5月20日的一份報告說，雖然巴基斯坦神學士和神學士的基本關係得以維持，但是，兩者之間的互不信任日益加深。
美國俄克拉荷馬大學的副教授沙阿說，到目前為止，也沒有足夠的證據顯示「神學士」正在對「巴基斯坦神學士」和其他聚集在阿富汗的恐怖組織採取措施，除了要求他們登記並收集他們的信息之外，這其中唯一的一個例外是「伊斯蘭國」。
新加坡南洋理工大學的巴西特認為，與對待「東伊運」成員一樣，「神學士」也不太可能嚴厲打擊「巴基斯坦神學士」成員，因為「巴基斯坦神學士」成員也與他們並肩作戰過。他還提到，「神學士」也不能對這些恐怖組織成員太嚴厲，否則，他們可能會投靠伊斯蘭國，成為「神學士」的敵人。這樣的事情，歷史上也發生過。
