儘管遭到美軍和巴基斯坦安全部隊的打擊，「巴基斯坦神學士」實力大減，不得不藏身阿富汗，但是依然存在。根據聯合國5月份的一份報告，「巴基斯坦神學士」目前大約有2500到6000名成員，是繼神學士之後目前活躍在阿富汗和巴基斯坦地區勢力最大、實力最強的一個組織。
新加坡南洋理工大學政治暴力和恐怖主義研究中心研究員巴西特認為，「神學士」在阿富汗的勝利給「巴基斯坦神學士」等聖戰組織，乃至整個伊斯蘭極端主義組織帶去激勵效應，促使他們採取更多恐怖和極端行動。
他說：「現在，當他們看到美國支持的阿富汗政府垮台，美國人從阿富汗撤退時，這個像徵意義對這些團體來說非常重要。……他們正在重溫勝利，他們喜氣洋洋，他們覺得自己的聖戰主義理念得到了鞏固。他們經歷了高峰和低谷，他們可以重操就業了。例如，巴基斯坦神學士，TTP，他們可能會想，他們也可以在巴基斯坦做到這樣。既然你能打敗美國，你就能打敗巴基斯坦軍隊。」
事實上，在「神學士」在阿富汗取得節節勝利以來，「巴基斯坦神學士」針對巴基斯坦政府軍和警察發起了多起攻擊。據報導，僅8月一個月，「巴基斯坦神學士」就發起過32次攻擊。最新的一起發生在9月5日。當天，巴基斯坦西南部俾路支省首府奎達郊外發生自殺式爆炸攻擊案，造成至少3人死亡，15人受傷。
由於「巴基斯坦神學士」的目標是推翻巴基斯坦政府。巴基斯坦政府有著密切關係的中國及其在巴基斯坦的利益，也自然成為一些恐怖分子的攻擊目標。
阿基爾·沙阿是美國俄克拉荷馬大學研究南亞政治的副教授，也是美籍巴基斯坦裔學者。他告訴美國之音：「巴基斯坦神學士想要破壞巴基斯坦的穩定。他們的主要任務是推翻巴基斯坦政府。對他們來說，任何經濟穩定或投資跡象都不符合他們的利益.......我認為，他們想向中國和世界傳達的信息是，你在巴基斯坦的投資不安全。他們就是你可能會稱為破壞者的那類的人，製造不穩定和混亂，並加以利用。」
7月14日，巴基斯坦北部的達蘇水電站發生一次嚴重恐怖攻擊事件，13人遇難，其中9名是中國人。另外，恐攻還造成28名中國公民受傷。中國外交部稱這是迄今為止中國在巴基斯坦遭受的最大人員傷亡事件。
到目前為止，還沒有組織正式聲稱為這次攻擊負責。後來，巴基斯坦和中國的調查認為，這次攻擊是「東伊運」和「巴基斯坦神學士」合作的成果。另外，雙方都認為攻擊者及背後組織得到印度和阿富汗情報部門的支持。
今年4月21日，巴基斯坦俾路支省首府奎達一家豪華酒店停車場發生汽車炸彈爆炸，造成5人死亡、12人受傷。最引人注目的是，當時，中國駐巴基斯坦大使農融正率團訪問奎達，他下榻的正是這家酒店。炸彈爆炸時農融和其他中方訪問人員外出未歸，僥倖躲過。「巴基斯坦神學士」隨後宣布對這起攻擊事件負責。
