等到1988年蘇聯撤出阿富汗，整個國家頓時陷入軍閥割據又群龍無首的狀態，曾經獲得北約、巴基斯坦以及阿拉伯各國支援的各派系武裝大打出手。奧瑪看準了機會，運用普什圖人為阿富汗境內最大民族的優勢，在1994年創立塔利班組織，並於1996年奪權成功。儘管他的奪權沒有很徹底，塔利班政權仍處於與北方聯盟內戰的狀態之中，直到2001年被美軍推翻為止。
塔利班在抗擊蘇聯的戰爭中，受到阿拉伯外籍戰士的影響很大，因此與蓋達算是盟友的關係。然而塔利班終究是由阿富汗南方與巴基斯坦北方的普什圖人組成的戰鬥團體，對推廣普什圖人的民族主義顯然比推廣全球性質的「伊斯蘭革命」更有興趣。他們屠戮的對象，更多是阿富汗境內的「非我族類」，因此在普什圖人心目中有不小的支持率。
蓋達組織突變出來的怪物伊斯蘭國
至於2014年竄起的伊斯蘭國，則是由蓋達組織突變出來的怪物，前身是2004年誕生的蓋達組織伊拉克分部（Al-Qaeda in Iraq），創辦人則是2006年為美國空軍F-16炸死的約旦恐怖份子札卡維（Abu Musab al-Zarqawi）。早在札卡維被炸死以前，他就已經因為殘酷虐殺什葉派穆斯林的原因，遭到賓拉登和查瓦希里兩人的嚴厲批判。
所以我們不難發現，伊斯蘭國與蓋達雖然同樣有把全世界「伊斯蘭化」的目標，但後者更注重如何團結所有穆斯林，前者則主張優先消滅穆斯林內部的「動搖者」。尤其是那些世俗化，主張與西方世界合作的穆斯林，都是伊斯蘭國優先剷除的對象。
另外海珊政權在2003年被推翻後，大量復興黨（Ba'ath Party）幹部加入伊斯蘭國，導致該組織的「泛阿拉伯主義」色彩強於「泛伊斯蘭主義」。
而美國推翻海珊後，扶持的伊拉克政府又以什葉派為主，對遜尼派採取強烈的打壓政策，所以伊斯蘭國吸收的對象又清一色是遜尼派。所以比起與伊朗關係曖昧的蓋達組織，伊斯蘭國對什葉派的敵視更為強烈。這也讓伊斯蘭國在2011年的敘利亞內戰爆發後，成為最有能力抵抗隸屬什葉派阿塞德（Bashar al-Assad）政權的反抗軍。
強大的軍事組織力，還有對網路社群媒體的有效運用，讓伊斯蘭國得以在美軍撤出伊拉克，並且對敘利亞內戰消極介入的情況下，迅速發展成阿拉伯世界最強大的戰鬥團體。只是在敘利亞拉卡與伊拉克的摩蘇爾建國以後，該組織很快因為極端的排除異己手段，還有對非遜尼派以及非阿拉伯裔人士的各種殘殺，成為了全球公敵。
不只美國、北約、俄羅斯、阿拉伯國家、伊朗與土耳其把伊斯蘭國定為恐怖組織，就連伊拉克政府、敘利亞政府還有各派系的反抗軍也群起圍攻伊斯蘭國。
