一六○一年三月，英國東印度公司由四艘船組成的船隊，首度航向東印度。這是一支武裝船隊，船上的人數多達五百人以上，並且配備了一百一十門大砲。船隊的目的地，是葡萄牙人與當地人之間的對立顯而易見、未能將其海域納入支配下的香辛料產地東南亞。船隊首先抵達蘇門答臘島的亞齊，接受當地統治者的禮遇。接著造訪爪哇島西部的萬丹，當地人也允許英國人留下數名人員，處理下次船隻靠港之前的商品訂購與採買。他們在麻六甲海峽襲擊並且掠奪乘載香辛料的葡萄牙船，四艘船最後在一六○三年九月平安返回英國。他們發現戒慎恐懼的首航取得成功，也獲得了充分利潤後，便在一六○四年將第二次航海付諸實行，公司的經營逐漸步上軌道，最初十年的獲利率據說是百分之一百五十五。
英國東印度公司的性質
伊莉莎白一世的特許狀，充分展現出當初東印度公司的性質，因此在此針對其內容進行說明。首先敕許狀的名義人是「與東印度進行交易的倫敦商人代表與公會」。雖然我們一般稱這間公司為「英國東印度公司」，但至少在最初階段，這並非正式名稱。此外，「英國東印度公司」這個名稱，很容易讓人以為這間公司是英國國王或政府成立的國營公司，但這個認知也是錯誤的。成立這間公司的是倫敦的商人，只不過取得女王的認可而已。當時的英國女王與政府，還沒有自己成立這類貿易公司的意願。國王與政府有時候甚至會為了自己的利益，採取對東印度公司不利的政策。譬如一六三七年，查爾斯一世就為了換取高額回報，把東印度公司在東印度沒有設置商館處的特許交易權給了其他公司。
其次，也有人認為英國東印度公司設立的目的，是為了征服並殖民亞洲的各個地區，這個說法也是一種誤解。對於已經知道日後歷史發展的現代人而言，會有這樣的想法也是無可厚非，但至少當初無論是成立公司的人，還是認可公司的女王，都沒有利用武力取得領土的想法。他們頂多只會在有利於交易的情況下，考慮購買土地。畢竟藉由買賣亞洲豐富物產的貿易謀取利益，才是公司最重要的終極目標。
公司的創辦者獲准在十五年期間壟斷與東印度之間的貿易。英國國王禁止其他英國人成立公司參與這樣的貿易。現在的價值觀是自由貿易至上，甚至還制定了「反壟斷法」，如果政府只給某一間公司像這樣的特權，想必會遭受猛烈的批評。然而當時橫行的貿易體系與現在完全相反，不僅東印度公司的原型黎凡特公司是如此，葡萄牙王室的最初目標也是壟斷香辛料貿易。「壟斷」對於在當時的歐洲從事商業活動的人而言，是理應實現的目標。
