在《聯合聲明》中，中國大陸和越南兩國同意：
繼續維持現有海上問題談判機制，堅持透過和平談判，尋求一項雙方都能接受的基本和長久的解決辦法。在問題解決前，雙方本著先易後難的精神，積極探討在海上，開展合作的可能性和措施，諸如海洋環保、氣象水文、減災防災等領域。與此同時，雙方均不採取使爭端複雜化或擴大化的行動，不訴諸武力或以武力相威脅。雙方對產生的分歧應及時進行磋商，採取冷靜和建設性的態度，予以妥善處理；不因分歧而影響兩國關係的正常發展。
就菲律賓方面而言，2000年5月，當菲律賓總統埃斯特拉達（Joseph Estrada）前往北京慶祝中菲建交25周年時，雙方簽署了《中華人民共和國政府和菲律賓共和國政府21世紀雙邊合作框架聯合聲明》文件。江澤民對中菲關係之發展提出四點設想。
其中之一與南海島礁爭端相關。江澤民指出：
南海問題是歷史遺留下來的，不可能一下子解決。中方主張根據公認的國際法和現代海洋法，包括《聯合國海洋法公約》確立的法律原則和制度，同有關國家通過談判和平解決南沙爭議，這充分體現了中方維護地區和平與穩定，以及同有關國家關係的誠意。處理南海問題最現實的辦法是「擱置爭議、共同開發」。
埃斯特拉達表示同意中方以和平方式解決涉及領土、海域爭議的主張，有關爭議不影響兩國關係的發展，兩國應透過雙邊友好協商解決爭議。
2001年11月，在汶萊召開的第五屆「東協加三」（ASEAN Plus Three, APT）非正式高峰會議中，東南亞國家與中國大陸同意在2010年成立「中國─東協自由貿易區」（China-ASEAN Free Trade Area, China-ASEAN FTA）。2002年舉行的「東協加三」
高峰會議當中，中國大陸與東協國家簽訂了《全面經濟合作架構協定》，正式啟動了「中國─東協自由貿易區」的進程。同年11月，中國大陸與東協簽訂了《南海各方行為宣言》。
南海爭端第二階段期間，台灣幾乎成為了局外人，但也在某種程度上被迫與時俱進。對此，台灣先於1992年8月由行政院核定通過《南海小組設置要點》，以成立跨部門的南海小組，專責研議南海有關事項。同年12月，南海小組第一次會議召開期間，決議研究《南海政策綱領》及《南海政策綱領實施綱要分辦表》。1993年4月，行政院通過《南海政策綱領》，作為台灣南海政策執行上的最高指導方針。
《南海政策綱領》列出五項目標，分別為：
1. 堅定維護南海主權；
2. 加強南海開發管理；
3. 積極促進南海合作；
4. 和平處理南海爭端；
5. 維護南海生態環境。
