約一個半月前當台灣疫情突然炸開，而中央政府防堵無力時，中央疫情指揮官陳時中一下從雲端落地成了箭靶；相對地，台北市長柯文、新北市長侯友宜的聲量大升，他們的防疫表現也獲得民眾較多肯定。一個半月後，台北市果菜市場疫情擴大，換成柯文哲成了箭靶。
當外界批評柯文哲對北農群聚擴大處理不當時，他則抱怨北農事受件受到太多政治干擾。他說和疫情指揮中心開會可以專業、科學地討論問題，但「出了房門他們還是政治對政治！」傳出中央要派醫福會執行長王必勝接手處置北農，柯文哲再次強調不要政治干擾專業，北農在北市境內，他會負責處理。
北農疫情從5月中旬開始，到7月2日北農累積確診數已高達103例，而環南市場也有97例。柯文哲在6月下旬還是五十多例時說，總數看起來多但其實平均一天一、兩個，沒那麼嚴重，而且確診者占總體比例也不高。他反對果菜市場休市，「動不動喊休市，只會造成更大混亂。」柯文哲也抱怨中央訂定的疫調機制出問題，北農很多人居住外縣市，而現在疫調是以居住地為單位，不是工作地，讓疫調進行不順利。到了環南市場驗出眾多陽性確診時，柯文哲終於承認「沒想到無症狀黑數真的滿多」，但對外界批評他當初不全面做快篩，他則辯稱，就算設篩檢站，現在國家公權力無法強迫民眾做篩檢。
柯P甩鍋的語言遊戲
柯文哲玩了一個語言遊戲：一方面，若中央政策和北市不合、中央要介入北市防疫，他就說是「政治介入」。另一方面，做不好疫調的責任就推給中央，稱疫調機制設計不好，需要中央介入；中央要北農普篩，他則說國家沒辦法強制民眾普篩。
但疫情是5月中旬開始，之前一個月做疫調沒有發現疫調機制的問題嗎？如果時發現就和中央反應、協調，會搞到到六月底才發現疫調圖象不完整？當各界要究責時才用疫調來甩鍋中央。
柯文哲用國家無法強制普篩來回應外界批評果菜市場沒早做普篩。但當北農疫情擴大後，農委會介入下令：要持陰性證明才能入場交易。想進場做生意的人就得做篩檢，這也沒有侵犯到人民的自主權。
更何況《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》第7條賦與中央流行疫情指揮中心指揮官很大的權力──指揮官「為防治控制疫情需要，得實施必要之應變處」，普篩當然屬於一種必要措施。
如果柯文哲向陳時中要求他下令果菜市場強制普篩，陳時中會同意嗎？上述特條例第7條被批評為空白授權，給指揮官太大權力。但很弔詭的，陳時中似乎不願意用這個權力授權各部門進行強制性措施。例如離島要求在機場設快篩站，陳時中要求只能是自願性，不能是強制性；立法院要設快篩站，陳時中也強調要是自願性。為什麼不能強制性？在離島機場快篩這件事情上，指揮中心稱，對跨縣市移動採取人員進出管制，或要求民眾強制普篩，屬全國一致性的重要政策，應由中央指揮官之指示辦理。
這樣的解釋是認定：強制普篩是「全國一致性」的政策，也就是澎湖機場要快篩，其他縣市也要比照；立法院要強制快篩，行政院也要快篩。但上述特別條例第7條給予指揮官很大的彈性空間，為什麼指揮中央還是做出這種僵硬的解釋？中央疫情指揮中心是否太強調全國防疫一條鞭的本位觀點？
政治打破了陳時中們的本位主義
柯文哲批評政治介入專業，比較正確的說法應該是，柯文哲的本位主義思考，讓他膝蓋反應式排斥中央的主張，為自己的盲點與缺失辯護。到最後，還不是同意了中央一開始建議的普篩？環南市場、家禽批發市場最後還不是休市三天清消？有因為休市造成更大混亂嗎？
不只柯文哲的北市府本位思考，陳時中領導的中央疫情指揮中心也一樣。上述離島與立法院快篩是一例，更明顯的例子就是入境普篩問題。指揮中心從去年就一直抗拒入境普篩，去年七月醫界呼籲入境普篩的聲音高漲，當時中央流行疫情指揮中心說：「目前自國外入境者都需進行14天居家檢疫措施，無症狀者檢疫期滿後仍要再自主健康管理7天，已可有效防堵。」到上個月秘魯祖孫造成印度變種病毒傳入台灣，指揮中心還是用同樣理由拒絕普篩。行政院長蘇貞昌還背書說，普篩常有偽陰性或偽陽性問題，如果偽陰性的人自認為沒事到處「趴趴走」，反而增加疫情蔓延風險。
蘇貞昌的說法根本不成立，並不是普篩之後就不需要隔離，怎麼會有趴趴走的問題？而且偽陽性、偽陰性比例只是個位數，為了這個極少數而不去信任九成五以上正確的檢驗結果，這種說法符合邏合科學邏輯嗎？更何況，秘魯祖孫事件凸顯現行隔離政策的缺失。如果在機場有篩檢，就可及早堵進病毒傳播，難道事先在機場篩檢會比事後把屏東兩個村莊全部篩檢更麻煩嗎？
結果，6月30日民進黨中常會與會者主張應普篩，主席蔡英文就裁示要行政院帶回去給指揮中心研議，隔天疫情指揮中心馬上改變政策，宣布入境台灣的旅客全面普篩。與其說這是政治干涉專業？不如說是政治打破了陳時中們的本位主義。
賣不賣BNT是習近平的政治決定
另一個最麻煩的政治介入問題是台灣向上海復星購買BNT疫苗之事。很明顯地當郭台銘提出購買疫苗主張時，民進黨的確提防郭台銘的政治色彩以及一旦採購成功帶來的政治效應，因此又把台積電也拉進來平衡色彩──雖然台積電原本也已在洽購疫苗。之前，民眾輿論批評蔡政府用政治干涉疫苗採購；而當蔡政府同意永齡基金會、台積電和慈濟採購疫苗後，如今最大的政治問題反而是在習近平。
台灣透過香港裕利向上海復星買疫苗理應是信商業行為，但復星不可能在北京沒有點頭下就同意賣疫苗給台灣，這也是之前郭台銘已洽談很久還是沒有結果的主因。而北京對台單位已定調台灣蔡政府「以疫謀獨」，現在要改口賣疫苗給台灣也需要一些說詞上的轉寰。目前傳出台積電與永齡已和復星簽署法律文件，最終拍板，大概得等習近平這一陣子忙完建黨百年這檔大事，再來最後定奪這個兩岸疫苗政治問題。
