不過日本還是可以與「中國」簽署雙邊的和約，換言之「中國」的戰勝國地位並沒有因此而虧損。儘管如此，無法參加多邊對日和約談判對失去中國大陸的蔣中正而言，仍是一個重大的打擊，因為這代表撤退到台灣的中華民國政府已經不再是全世界公認的合法政府，而且還要靠著來自美國的幫助，才能得到與日本簽署雙邊和約的機會。
蔣中正不得不在1951年7月13日對美國提出抗議，表達中華民國沒有被納入簽字國的強烈不滿。在這份外交部發表的聲明中，蔣中正表示《舊金山和約》的草稿大體上符合中華民國的利益，唯獨無法接受和約稿第23條之中沒有把中華民國納為簽字國。他特別強調：「中華民國為對日作戰或存有戰爭狀態國家之大多數所承認之合法中國政府。」
然而國際社會本來就無道義可言，若不是因為韓戰爆發還有冷戰時代的來臨導致各國必須依照本身的政治制度選邊站，絕大多數沒有在1951年與中華民國斷交的國家或許早已承認中共。或許蔣中正最後也認知到了這一點，對舊金山和會也就沒有進一步的抗議了。由於蘇聯參加對日作戰有限，對日和約基本上是在美英主導下完成，所以蔣中正早已猜出是哪個程咬金在阻礙中華民國出席和會。
7月16日，蔣中正在革命實踐研究院的演講中，明確指出美國是在英國影響下才排除中華民國參與對日和約，目的是要確保英國支持美國對日本的單一佔領。英國的支持，能賦予美國重新武裝日本，進而抵抗蘇聯赤化東亞的正當性。蔣中正指出：「此次我國之被拒共同簽訂於對日多邊和約，乃是美國在精神上受到了英國的脅制，所以才有了今日的結果。」
英國對中華民國的妥協
在革命實踐研究院的講話中，雖然蔣中正批判了美國屈從於英國，重新武裝日本的「錯誤」與「悲劇」。他認為如果美國真的要把日本打造成反共基地，應該更要讓中華民國參與舊金山和會的多邊機制，方能讓日本願意加入美國領導下的亞太反共抗俄聯盟。因為日本在亞洲交戰最久的國家是中華民國，排除掉中華民國參與的多邊和約框架無法讓日本感到自己輸得心服口服。
唯有讓中華民國參加多邊和約，東方民族才能真正結束過去「自相殘殺」的悲劇，在聯合國創始會員國中華民國帶領下共同抗拒蘇聯。如果排除掉中華民國的參與，《舊金山和約》對日本而言代表的不只不是戰爭的結束，而是戰爭的重新開始。如果瞭解日本一開始其實是想與中共簽署和約，我們不難發現蔣中正的論點不過是痴人說夢話罷了。
好在主導《舊金山和約》與對日佔領任務的主要是美國，中華民國的戰勝國權益才沒有被完全漠視，台灣也才沒有被中共實質佔領。這一點是台灣藍綠兩方看待《舊金山》和約歷史的時候，需要給予高度評價的。畢竟在中華民國失去大陸實際控制的情況下，要求與中共沒有衝突的國家繼續承認台灣代表整個中國是很困難的。
