不過，錄音檔是否經過變造？馬英九有無具體指示？內簽有沒有造假？是否有人「假傳聖旨」或「揣摩上意」？這些疑問都有待辦案人員逐一檢驗。
證物的真偽有待檢驗，但檢方掌握的另一個破口卻昭然若揭。據說，已有關鍵證人被檢方突破心防，指證馬英九和張哲琛全盤掌控黨產交易案進度，有人也指控中投刻意挑選買家，馬也參與其中。而此部分案情與馬英九、張哲琛應訊時的供詞有極大出入，如果檢方查證屬實，恐將一舉摧毀馬的防火牆。
關鍵證人被檢方突破心防
北檢專案小組掌握案情後，檢察長邢泰釗欽點當年在黑金專組屢破大案，辦過前馬辦主任賴素如涉及的雙子星弊案、台北一○一大樓前董事長林鴻明掏空案、碩天炒股案等等的主任檢察官王鑫健，負責開庭偵訊馬英九。
當天的戰場相當驚人，檢方從上午九點開始偵訊馬英九，馬直到深夜十一點半才離開，整個過程長達十四．五小時。期間馬曾為了上洗手間步出偵查庭四、五次，但表情相當凝重。反倒是開庭民眾看到馬很興奮，大喊「總統加油」、「總統好」。
檢方在中午和傍晚曾兩度休庭，讓馬用餐休息，實際偵訊時間不到十三小時。據瞭解，馬應訊時精神不錯，還一字一句確認檢方的筆錄內容。馬英九和檢方在法庭上對戰十多個小時後獲請回，他雖略顯疲倦，卻不忘從西裝口袋裡拿出紙條強調：「從政三十多年來一向清廉自持，奉公守法，我絕對禁得起公開檢驗。」
約談馬後，檢方密集開會沙盤推演
而檢方在約談馬英九後更密集開會沙盤推演，初步認為三中案情過於複雜，加上馬英九的供詞也需要深入查證，已考慮先偵結前立委蔡正元涉及的侵占案，最快農曆年前偵結三中案。有法界人士觀察全案後私下說，馬英九能不能在三中案裡全身而退，這次的發球權似乎落到了檢方手上。
藍營批北檢羞辱羅織馬英九
台北地檢署11月29日為「三中案」，約談偵訊前總統馬英九時間創下卸任元首應訊最長紀錄。由於馬應訊案由為「人民告發侵占黨產案」，但北檢訊問內容卻全為「三中案」，引發國民黨強烈質疑，約談案由與調查標的完全不同，明顯是想以突襲手法羅織入罪，尤其超長時間偵訊，更有刻意羞辱，並向外界形塑馬涉案甚深的印象。
對於遭受北檢馬拉松偵訊，馬辦發言人徐巧芯雖表示，基於偵查不公開原則，不便對偵訊過程進行評論。但有親馬的國民黨人士嘲諷，馬英九當晚還能回家，沒被強制處分，已是北檢大發佛心，馬辦只有感謝，豈敢再多話。據瞭解，這次馬前往北檢應訊前，有不少法界人士透過管道提醒馬，要有被限制出境、交保甚至聲押的準備。
知情人士也透露，北檢由檢察長邢泰釗親自領軍翻舊案辦馬，他所投注的心力、動用的資源超乎外界想像。這段時間，國民黨及馬辦由背景不同的法界人士得知的訊息也很一致，那就是不管三中案有無新事證，或所謂新事證的證據力夠不夠，北檢都一定會起訴馬，且偵結時間就在明年農曆年前。
這位人士說，檢調司法圈內人都清楚，邢泰釗曾在馬執政時期被降調，他也視此為奇恥大辱，對馬心懷怨恨並不令人意外。何況明年三月間新檢察總長人選可能出爐，適時起訴馬將可立下大功，原本就被看好的邢接任總長更是十拿九穩。親馬人士也認為，起訴已是定局，反正在北檢的字典中，對待馬本無「公正」兩字，也只能到法院爭清白，屆時就看誰會被打臉。（晏明強）
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