儘管雪布尼查被聯合國畫為安全區，但只有約600名荷蘭維和部隊駐守，當塞族軍隊攻進雪布尼查時，少部分男子與多數婦孺尋求維和部隊庇護，約1萬5千名男性則逃進樹林，但聯合國也阻止不了塞族軍隊的殘忍行為，且荷蘭維和部隊為了換回14名被塞族軍隊綁走的士兵，選擇交出庇護的5000人，塞族軍隊從中挑出約2000名男子，之後追捕其他逃亡的男性，有些人選擇投降，最後也難逃一死。
塞族軍隊把約23000名婦孺送出雪布尼查，但留下12至77歲的波士尼亞穆斯林役齡男子，要「詢問有關戰爭罪的嫌疑」，不過塞族隨後在鄰近雪布尼查的小鎮克拉維卡（Kravica）進行第1次處決；雪布尼查大屠殺事件總共11天，而塞族軍隊在短短4天就殺死8300多人，對於這場駭人的種族屠殺事件，塞族共和國否認犯行，甚至稱死亡人數是個「謊言」。對於姆拉迪奇的判決，塞爾維亞總統武契奇（Aleksandar Vučić）表示，要放眼未來。
8000冤魂見證 元兇卡拉季奇重判40年徒刑
另外，發生屠殺事件時的塞族共和國總統卡拉季奇（Radovan Karadžić）也是主要戰犯，ICTY在1996年對卡拉季奇發布國際通緝令，而卡拉季奇於2008年在塞爾維亞被捕。卡拉季奇被控11項罪名，檢方求處無期徒刑，但法官認為，卡拉季奇被控的種族屠殺罪名中，雪布尼查屠殺罪名成立，但涉及其他城市屠殺行動的證據不足，而其他戰爭及違反人道罪名均成立，最後判處40年有期徒刑。
時至今日，每年都還能發現新的集體遺塚，目前為止已從93個墳塚和314個地點挖出7000具遺骸，並透過DNA鑑定、確認身份，超過6000具遺體被安葬在波托恰里（Potočari）紀念中心，每年7月11日固定在此舉行紀念儀式。雪布尼查大屠殺事件在2015年滿20周年，當時聯合國安理會提出決議案，要把此事列為「一場種族屠殺行動的犯罪」，但與塞族關係密切的俄羅斯從中作梗，動用否決權擋下決議，時任美國駐聯合國大使鮑爾（Samantha Power）痛批：「這是安理會紀錄的一大汙點。」
