二二八事件後，一部分台籍人士開始推動以獨立建國為目標的政治運動，指標性人物如出身雲林西螺的廖文毅、廖文奎兄弟，他們於該（一九四七）年秋天在香港籌組「台灣再解放聯盟」，呼籲台灣先交聯合國託管，再由島民決定未來前途。一九五○年，廖文毅東渡日本組織「台灣民主獨立黨」，並於一九五六年二月二十八日在東京成立「台灣共和國臨時政府」，自兼大統領，被奉為二次戰後台獨運動的先驅。另一部分台籍人士則把對國民黨的憤怒失望轉化為對中國共產黨的支持，他們充滿理想，滿腔熱血，願為台灣光明燦爛的前景犧牲奉獻。一九四九年前後，這批人之中有些前往大陸與中共合作，爭取「台人治台」，有些加入中共在台地下組織，進行長期抗爭，有些則轉入台灣山區進行武裝游擊戰，但不論支持台灣獨立、託管自決、或政治立場轉為「左翼」親共，五○年代眾多與國民黨政治立場迥異的台籍菁英，皆成為當局搜捕與整肅的對象。
儘管心懷憐憫，但對清共政治案件並未提出質疑
此刻國府遭到美政府拋棄，面臨生死存亡的關頭，來到台灣後再無退路，如何協助父親穩定政局，防範敵對勢力從內部進行分化，成了蔣經國首要任務；對於持不同政治立場的個人或團體，皆採高壓手段對付之，政府遷台後的前五年「白色恐怖」高峰時期，據統計高達四、五千人被處死，另有同樣數目的人被判處十年以上有期徒刑或無期徒刑，這其中確實有一部分隸屬中共「台灣省工作委員會」或其他地下秘密組織，企圖瓦解國民黨統治，然而也有眾多無辜受害者，在肅殺的政治氣氛中以「匪諜」論罪而蒙受冤枉。來到台灣後相當長一段時間裡，蔣經國對本省人的認知與觀感，無可避免會從國安業務、鞏固其父領導威信的角度出發，可以想見，他對台籍人士的印象必然無法完全正面，而且不時夾雜著猜疑與同情等複雜情緒。
爬梳蔣經國日記的內容，吾人無從知悉他在執行冷酷的政治整肅過程中，是否曾清楚辨析那些被國民黨視為「匪諜」而肅清的大批台籍人士當中，其實各有不同的政治意識、理念與認同，無法一概而論，也許在鞏固政權與穩定內部高於一切的前提下，這類問題皆屬次要。一九五一年四月十四日，當情治機構仍在各地大肆搜捕「匪諜」之際，小蔣出席剛成立的「台灣青年文化協會」所舉辦的座談會後，他寫下感想：「在會場上聽了許多真正台灣人所講的話，在過去我們對台灣人的工作好像是在『空摸』，台灣人的不滿內地人的意見，是值得注意、反省和警惕的，總之我們離開群眾太遠了，亦可以說離開生活太遠了。」
雖然蔣私下承認政府對本省人的瞭解不夠，但在當時政治氛圍下，除了繼續雷厲貫徹清共、肅共政策外，他鮮有其他選擇。該年夏天國府破獲蔡堯山組織案、古瑞明案、金瓜山地下組織案、桃園「新民主主義青年團」等政治案件，數百人遭逮捕與槍決，絕大多數是台籍青年，小蔣感慨：「最近所破獲的匪諜多是年輕的台灣人，為這批青年而非常可惜，他們可能是為了救國的一般熱情，而結果走入歧途，我們未能教育他們，不能不說應負責任。」縱使蔣經國心理上憐憫這些台籍青年，然而他顯然並未對國府執行這些政治案件的合理性提出質疑。
＊作者為英國牛津大學東方學部博士，美國柏克萊加州大學東亞研究所博士後研究員，美國舊金山大學環太平洋研究中心傑出訪問學者，2008年獲選為英國皇家亞洲學會院士。自2007年起獲聘為美國史丹佛大學胡佛研究所研究員，2010年起出任胡佛檔案館東亞館藏部主任。本文選自作者著作《蔣經國的台灣時代：中華民國與冷戰下的台灣》（遠足文化）
