除了調整與軟銀和雅虎達成的投票協議，9月5日更新的招股書中還對「合夥人委員會」、新增「合夥人」類型描述、「合夥人」退休機制待進行完善，這被認為是阿里巴巴持續加強合夥人對董事會的控制。
阿里巴巴的最新招股書顯示，上市後阿里巴巴合夥人團隊將追加任命2名董事，使董事會成員增加至11人。目前阿里董事會成員名單上為9人：
4名執行董事全部來自阿里巴巴合夥人團隊：馬雲、蔡崇信、CEO陸兆禧、COO張勇。
1名非執行董事：大股東日本軟銀CEO孫正義。
4名獨立董事：香港前特首董建華、財務專家郭德明、高盛原副董事長伊凡斯（Michael Evans）、雅虎共同創辦人楊致遠。
雅虎代表傑里塞絲（Jacqueline Reses）目前也在董事名單之中，不過按照此前協定，在阿里巴巴正式上市後，雅虎將退出這個席位。
在目前的董事會9人架構中，阿里巴巴雖然只佔4名，看上去是少數派，但是根據上述投票權協議和董事提名權約定，阿里在董事會將擁有絕對的話語權。
上市後阿里帝國的控制層級可以概括為：馬雲與蔡崇信→30名合夥人→董事會→軟銀雅虎→股東大會。
帝國傳承：馬雲之後
特別值得注意的是，阿里合夥人制度規定，馬雲和蔡崇信作為目前僅有的兩位永久性合夥人，既不守退休年齡限制，還有人事任命權。新永久性合夥人只能通過永久性合夥人任命的方式產生。後繼的永久合夥人是不是就是阿里最高決策者？儘管沒有明示，但馬雲和蔡崇信的地位已經決定，他們選定的接棒人一定位高權重。
馬雲此前極力向外界透露這樣的信息：阿里巴巴並非是由馬雲一人控制，而是由一群符合阿里巴巴價值觀、能擔負阿里巴巴使命的阿里員工共同決策控制。他也多次重申，阿里巴巴的合夥人制度不是為了建立一個利益集團，更不是為了更好控制這家公司的權力機構，而是企業內在動力機制。
不過，對阿里公司治理結構的爭議一直都在。2013年，阿里巴巴在香港港交所申請IPO即被拒，原因就是阿里巴巴合夥人制度違反其 「同股同權」（指同一類型的股份應當享有一樣的權利）的原則。
而在阿里巴巴在IPO說明會時，也有投資人提出擔心：阿里巴巴創辦人和幾位資深高管對公司的影響力過大。
上市說明會過程中，馬雲慶祝了自己的50歲生日，表示希望公司可以活到「自己歲數的兩倍，再加兩年」：因為如果延續102年，1999年成立的阿里巴巴將橫跨三個世紀。
馬雲說合夥人制度能讓阿里巴巴在創辦人離開之後繼續走的更遠。可顯見的是，目前龐大的阿里帝國統治平衡是建立在馬雲的超強的個人能力和聲名之上，但也許這才是這個帝國的最大隱憂。
