阿里巴巴首次公開募股（IPO）上市之後，日本企業軟銀（SoftBank）的股權儘管稀釋，但32.4%仍然是最大股東。董事局主席馬雲雖然持股7.8%只是第三大股東，但仍牢牢掌控著阿里巴巴帝國，而曾被港交所拒絕的合夥人制度正是馬雲的利器。
儘管阿里的公司治理結構飽受爭議，但目前看來這也許是最合適的現實選擇。
帝國最頂層：30位合夥人
阿里巴巴合夥人制度最早披露是在2013年9月10日，時值阿里巴巴14年周年慶，馬雲通過郵件向阿里員工回應阿里巴巴合夥人制度和公司上市後控制權的問題。
馬雲稱，創新管理制度才能讓阿里巴巴在創辦人離開之後也能繼續走的更遠。這個創新就是合夥人制度。2009年，阿里巴巴10周年慶時，創建阿里巴巴的18名創辦人辭去「創辦人」身份。2010年開始，阿里巴巴開始在管理團隊內部試運行合夥人制度，每一年選拔新合夥人加入。
合夥人的門檻：「在阿里巴巴工作五年以上，具備優秀的領導能力，高度認同公司文化，並且對公司發展有積極性貢獻，願意為公司文化和使命傳承竭盡全力」。
阿里巴巴合夥人的產生分提名和選舉兩部分。新增合夥人至少由3位現有合夥人提名；投票時，出席人數不得低於合夥人總人數的75%，未出席的視為反對，不允許棄權；新合夥人必須獲得全部合夥人人數的75%的贊成票才算通過。
截至上市前，阿里共選舉出30名合夥人，包括阿里巴巴集團的管理層和關聯公司及分支機構的管理層，他們構成了阿里帝國「統治體系」的最上層」，其中馬雲和阿里巴巴董事局副主席蔡崇信為永久合夥人，其餘合夥人在離開阿里巴巴或關聯公司時，即從阿里巴巴合夥人退休。
帝國決策：合夥人控盤董事會
阿里巴巴合夥人之所以備受矚目，因為其擁有決定這個帝國的超級權力。
8月27日之前，阿里巴巴招股書中規定，阿里合夥人擁有獨家提名超過半數董事會成員的權利，被提名者經阿里巴巴股東大會投票通過。如果發生股東大會未通過阿里合夥人提名的董事候選人等意外事件，阿里合夥人可任命臨時董事，並在下次股東大會上重新提名一批董事候選人。
事實上，為了保證阿里合夥人提名董事在股東大會上獲得通過，阿里巴巴已經同兩大股東雅虎、軟銀通過談判達成一項投票協議，雙方在股東大會上投票時互相支持，軟銀和雅虎需要對阿里合夥人提名的董事人選投贊成票。
在9月5日更新的招股書中，阿里巴巴還加入了這樣一句話：「只要軟銀持股量不低於15%，軟銀和雅虎就需要對阿里合夥人提名的董事人選投贊成票」 。
除了調整與軟銀和雅虎達成的投票協議，9月5日更新的招股書中還對「合夥人委員會」、新增「合夥人」類型描述、「合夥人」退休機制待進行完善，這被認為是阿里巴巴持續加強合夥人對董事會的控制。
阿里巴巴的最新招股書顯示，上市後阿里巴巴合夥人團隊將追加任命2名董事，使董事會成員增加至11人。目前阿里董事會成員名單上為9人：
4名執行董事全部來自阿里巴巴合夥人團隊：馬雲、蔡崇信、CEO陸兆禧、COO張勇。
1名非執行董事：大股東日本軟銀CEO孫正義。
4名獨立董事：香港前特首董建華、財務專家郭德明、高盛原副董事長伊凡斯（Michael Evans）、雅虎共同創辦人楊致遠。
雅虎代表傑里塞絲（Jacqueline Reses）目前也在董事名單之中，不過按照此前協定，在阿里巴巴正式上市後，雅虎將退出這個席位。
在目前的董事會9人架構中，阿里巴巴雖然只佔4名，看上去是少數派，但是根據上述投票權協議和董事提名權約定，阿里在董事會將擁有絕對的話語權。
上市後阿里帝國的控制層級可以概括為：馬雲與蔡崇信→30名合夥人→董事會→軟銀雅虎→股東大會。
帝國傳承：馬雲之後
特別值得注意的是，阿里合夥人制度規定，馬雲和蔡崇信作為目前僅有的兩位永久性合夥人，既不守退休年齡限制，還有人事任命權。新永久性合夥人只能通過永久性合夥人任命的方式產生。後繼的永久合夥人是不是就是阿里最高決策者？儘管沒有明示，但馬雲和蔡崇信的地位已經決定，他們選定的接棒人一定位高權重。
馬雲此前極力向外界透露這樣的信息：阿里巴巴並非是由馬雲一人控制，而是由一群符合阿里巴巴價值觀、能擔負阿里巴巴使命的阿里員工共同決策控制。他也多次重申，阿里巴巴的合夥人制度不是為了建立一個利益集團，更不是為了更好控制這家公司的權力機構，而是企業內在動力機制。
不過，對阿里公司治理結構的爭議一直都在。2013年，阿里巴巴在香港港交所申請IPO即被拒，原因就是阿里巴巴合夥人制度違反其 「同股同權」（指同一類型的股份應當享有一樣的權利）的原則。
而在阿里巴巴在IPO說明會時，也有投資人提出擔心：阿里巴巴創辦人和幾位資深高管對公司的影響力過大。
上市說明會過程中，馬雲慶祝了自己的50歲生日，表示希望公司可以活到「自己歲數的兩倍，再加兩年」：因為如果延續102年，1999年成立的阿里巴巴將橫跨三個世紀。
馬雲說合夥人制度能讓阿里巴巴在創辦人離開之後繼續走的更遠。可顯見的是，目前龐大的阿里帝國統治平衡是建立在馬雲的超強的個人能力和聲名之上，但也許這才是這個帝國的最大隱憂。
阿里巴巴30位合夥人
馬雲：阿里巴巴董事局主席
蔡崇信：阿里巴巴董事局副主席
史坦納特（Timothy Steinert）：阿里巴巴集團總法律顧問
蔡景現：阿里雲高級研究員
曾鳴：阿里巴巴集團總參謀長
程立：小微金融服務集團首席技術官（CTO）
戴珊：阿里巴巴集團首席客戶服務官（CCO）
樊治銘：小微金融服務集團國內事業群總裁
方永新：阿里巴巴集團人力資源總監
胡曉明：小微金融服務集團副總裁
姜鵬：阿里巴巴集團副首席技術官
蔣芳：阿里巴巴集團廉正部和人力資源部副總裁
金建杭：阿里巴巴集團資深副總裁
井賢棟：小微金融服務集團首席財務官（CFO）
劉振飛：阿里巴巴集團技術保障、安全技術產品部副總裁
陸兆禧：阿里巴巴集團首席執行官（CEO）
倪行軍：小微金融服務集團行業產品部研究員
彭蕾：阿里巴巴集團首席人才官（CPO），兼任小微金服集團首席執行官（CEO）
彭翼捷：小微金融服務集團國際事業部副總裁
邵曉鋒：阿里巴巴集團首席風險官（CRO）
童文紅：菜鳥網絡首席運營官（COO）
王堅：阿里巴巴集團首席技術官（CTO）
王帥：阿里巴巴集團首席市場官（CMO）
吳敏芝：阿里巴巴集團資深副總裁
吳泳銘：阿里巴巴集團資深副總裁
武衛：阿里巴巴集團首席財務官（CFO）
俞思瑛：阿里巴巴集團法務部副總裁
張建鋒：淘寶網總裁
張勇：阿里巴巴集團首席運營官（COO）
張宇：阿里巴巴集團企業發展部副總裁
