2013年9月，在約旦的外科手術活動增加。MSF在與敘利亞接壤的約旦拉姆薩（Ramtha）市展開一個緊急手術專案，救治了數百名來自敘利亞南部的戰爭傷患。
與此同時，數十萬敘利亞人仍在逃離母國，前往鄰近國家尋求安全或醫療服務。這些國家在難民不斷湧入的情況下，開始採取更加嚴格的邊境政策。為回應需求，我們進一步擴大了在該地區的行動規模，盡可能向敘利亞人提供援助。到2013年底，估計有150萬敘利亞人成為難民。
2014年：致命衝突加劇
2014年，戰爭變得越來越血腥。據聯合國估計，有650萬人在國內流離失所，另有300多萬人逃離敘利亞。
暴力和不安全情勢、增強的圍攻和炮擊，以及對醫療設施和醫護人員的襲擊，是MSF團隊要面對的多重挑戰，這些都阻礙他們提供更廣泛醫療人道援助的機會。
2014年，MSF工作人員被劫持事件也導致我們停止在伊斯蘭國（IS）組織控制地區的活動，並撤出在敘利亞西北部的國際員工。然而，我們仍然設法維持在敘利亞的工作，開設了新的專案，並增加了對敘利亞境內醫療設施的遠距支持。
2015年：巨大的流離失所危機
2015年，逃離母國的敘利亞難民人數突破400萬大關，數千人試圖冒險穿越地中海，另有600萬人在敘利亞境內流離失所。這場衝突造成了自第二次世界大戰以來最大的流離失所危機，數百萬人迫切需要拯救生命的人道援助。我們增加了在整個地區的活動，並在地中海展開搜救行動，還為前往歐洲路途沿線的人們提供人道援助。
隨著更多國家和多方力量加入戰爭，2015年尤其顯著的極端暴力影響了數百萬人的生活。針對平民地區救援團隊或接收傷者醫療設施的轟炸經常發生，而且通常是「雙連擊轟炸」，也就是第一擊之後再來一次襲擊；攻擊也導致接觸化學製劑症狀的報告層出不窮。至少有150萬人被困在被圍困地區，無法獲得人道援助、醫療服務或後送。
2015年是MSF在敘利亞支援最多醫療機構的一年，超過150多家。然而，我們的支援無法避免這些設施受到衝突的直接影響。這一年共有23名MSF支援的敘利亞醫療人員死亡，58人受傷；此外，63家MSF支援的醫院和診所分別遭到94次轟炸或炮擊，其中12家醫療設施被完全摧毀。
伊斯蘭國組織被聯軍支援的庫德族武裝驅逐後，我們進入了被嚴重摧毀的科巴尼（Kobane）市。我們在該市建了一所醫院，但科巴尼被伊斯蘭國組織的戰士潛入後，該市又發生另一波激烈衝突，導致醫院被摧毀。儘管如此，MSF仍繼續支援該市的基本醫療和二級醫療照護服務。
