台灣與菲律賓在巴士海峽的經濟海域劃分上仍有爭議，2013年台灣廣大興號漁船遭菲國公務船以機關槍掃射，船長父親中彈喪命，引發民間強烈不滿，台灣為表抗議，採取終止菲勞入臺申請、召回駐菲代表等措施，雙方關係一度緊張，直到2014年簽署《臺菲有關促進漁業事務執法合作協定》才見緩和。
此外，菲律賓在「一個中國」外交政策下，數次發生將在其境內犯下電信詐騙案的台籍嫌犯送往中國，台灣黑幫竹聯幫也曾遭菲國總統杜特蒂點名為毒品大宗來源，相關犯罪案件是目前最常引發台菲嫌隙的主因。
棄美投中？狂人總統惺惺相惜？
菲律賓長年被視為美國在東南亞最重要盟友之一，雙方簽有《美菲聯防條約》，但現任總統杜特蒂毫不掩飾親中傾向，上任後擱置了與中國爭議的南海主權仲裁案，甚至曾宣布「與美國分道揚鑣」，計畫和中、俄形成聯盟；反觀對美關係，杜特蒂強力掃毒政策曾引發國際社會反對，杜特蒂因此對美國前總統歐巴馬（Barack Obama）惡言相向，還揚言停止美、菲聯合軍演。
但川普上後任，表示可以理解杜特蒂，同樣被視作「狂人」的兩位總統似乎令美菲關係有所改善。杜特蒂與川普將在越南APEC峰會首次碰面，APEC結束後，川普將前往馬尼拉參加東協峰會暨相關會議，和杜特蒂舉行雙邊會談。
