「企業至少負擔過半資金 教育部得每3年檢討」
學院資金部分，不得動用校務基金，由企業出資與國發基金共同負擔，且企業負擔不得低於國發基金，即為至少負擔過半資金，不過吳思瑤主張應改為至少6成，研究學院使用大學土地、建物、設備、人事支出，所以應該承擔更大責任義務。
潘文忠表示，企業出資要超過政府投入，但若明訂比例，恐讓部分企業卻步，研究學院對於學校資源不是租用，學校本身也是合作體，也有主導權，並非委外或促參。
民進黨立委黃國書擔憂，企業付越多可能要求更多，拉高比重，擔心會有失衡問題，讓企業更有理由把手伸入校園，也恐變成特定規模以上企業才能適用；王婉諭認為，台灣仍是以中小企業為主，明訂比例會讓企業失去可能性。
「不會要求學生畢業一定要加入企業」
最終資金部分最終維持原案，但教育部得每3年檢討，並調升企業出資比例；另外高教司長朱俊彰也強調，除非學生同意，否則出資企業無法綁約，不會要求學生畢業一定要加入企業。
在研究回饋方面，原規劃學院應將研發成果收入5%以上，提供大學用於改善師資、充實設備等，但吳思瑤主張應提升為至少20%，才能彰顯學校對回饋的投入，高虹安也認為，美國大學的收入經費也都有10至20％做為學校管理費，最終條文通過修正，提升為至少10%。
在退場機制方面，學院績效報告如經監督會認定經營不佳，應於6個月內擬訂改善計畫，如果監督會仍認為改善無效，且須停辦，學院應於3個月內提出停辦計畫，經校內程序通過後，由大學報教育部核定後執行；若學院不續辦者，則須提出不續辦計畫，完成校內程序後於停辦1年前，由大學報教育部核定。
一旦學院進入退場程序，大學便須協助學生轉入其他學院，學院編制內人員則接續聘任，編制外人員則應辦理契約終止。
朱俊彰會後說明，目前規劃重點領域，從AI、半導體、循環經濟、智慧機械、金融甚至文創都是未來納入對象，前提是先穩健讓學校試行，再借重成功模式，長期下來若可行，便可納入《大學法》等相關法規調整，目前草案已審查通過，將待朝野協商。
