在與中國政府打交道時，這些挑戰尤為嚴峻。中國政府在聯合國系統內的影響力越來越大，對於那些不利於中共形象的資訊，中國政府採取壓制態度。WHO受到聯合國成員國監督，而這些國家大多不怎麼願意與北京發生爭端。
WHO前總幹事的高級政治顧問Kenneth Bernard說：「WHO本該有能力介入並調查一些正在影響世界的事情。」他說：「如果WHO不能真正調查疫情，那麼中國政府說什麼，你就只能聽什麼。」Bernard曾在柯林頓（Bill Clinton）和小布希（George W. Bush）總統時期擔任生物防衛和衛生安全官員，他現在為企業和美國政府提供有關生物安全問題的建議。
糟糕的開始
即便在最好的情形下，這類調查也是很複雜的，可能需要數年時間。當疫情暴發時，大多數國家都會把工作重心放在控制疫情上，而不是探究源頭。
2003年嚴重急性呼吸道綜合症（SARS, 俗稱﹕非典型肺炎）疫情暴發時，WHO曾公開指責中國不配合，中國官員最初掩蓋了疫情的嚴重程度。SARS疫情由一種冠狀病毒引起。後來科學家們花了十年時間才查明導致這種疾病的冠狀病毒起源於中國西南地區的蝙蝠。
新冠疫情溯源工作一開始就很糟糕。武漢華南海鮮市場與2019年12月出現的多起早期病例有關，當地官員僱用了一家消毒公司，對該海鮮市場噴灑了消毒液進行消殺。目擊者說，這家海鮮市場裡有活的動物，包括一些野生動物。但當地部門稱，他們只採集了冷凍產品樣本，而這些樣本的新冠病毒檢測結果均為陰性。
2020年1月23日，WHO的一個緊急委員會建議由WHO領導的科學家小組「評估並支持調查新冠疫情動物起源的工作」。中國疾控部門負責人當天宣稱，他懷疑新冠病毒來自華南海鮮市場裡的野生動物，確定是哪一種動物「只是時間問題」。
《華爾街日報》基於對WHO牽頭的武漢考察團成員、WHO工作人員、現任和前任政府官員、來自美歐和發展中國家的外交人士以及獨立科學家和其他了解新冠溯源調查的人士的採訪，重現了在疫情暴發後的一年裡溯源調查是如何展開的。
WHO總幹事譚德塞（Tedros Adhanom Ghebreyesus）在2020年1月28日與中國國家主席習近平會面時討論了此事。次月，一個WHO牽頭的聯合專家組到訪中國，其中包括兩名美國政府專家。
據參與此行的人士稱，當地官員似乎致力於搜尋病毒起源，並介紹了他們正在開展的工作。但在隨後幾周內，沒有出現任何研究結果。
由於公眾不滿於政府最初應對疫情的方式，新冠病毒已成為北京方面的一個敏感政治問題。
