在通過考核後，才進入下一階段的專長訓練，包括到高雄左營和屏東恆春受水域滲透訓練，以及到台中谷關特戰訓練中心受山地叢林特攻作戰訓練、特戰狙擊手訓練，最特殊的是到武嶺接受雪訓和3000公尺高山的高寒地訓練，「涼山特勤隊」也是國軍唯一一支擁有雪地作戰能力和裝備的特戰部隊，整個三棲特戰訓期時間長達3年，最後在結訓時並要能夠通過「天威測考」，才能成為合格的特戰隊員。
結訓後也操 每年17天野外求生訓練
在完訓後，則在屏東涼山基地進行小組攻堅戰鬥、模擬敵後滲透襲擾的作戰能力，每年還要實施17天的野外求生訓練，要能在缺乏補給下，背負超過20公斤全副武裝裝備進行300公里的山隘行軍。
「涼山特勤隊」除用於高空滲透的各式特戰傘降裝備，還配備水下滲透的潛水裝備，以及可同時用於反恐作戰和斬首行動的特戰攻堅裝備，包括能夠抵擋手槍子彈的卡弗龍纖維防彈面具，以及MP5衝鋒槍、M4突擊槍、M21狙擊槍等武器。
「涼山特勤隊」的堅實戰力，包括軍中和外界都未曾質疑，軍中過去就傳出，「涼山特勤隊」的狙擊手，能以不是狙擊槍的國軍65K2步槍，擊中150公尺外的10元銅板；也曾有從涼山特勤隊已退伍20年的49歲士官，因為酒駕被警察攔下，結果空手制伏了3名員警。
由於「涼山特勤隊」原本就是因應敵後滲透作戰任務而成立的部隊，作戰時隊員可能有去無回、為國犧牲，因此軍方一向保密，也因而蓋著一層神秘面紗；後來因為肩負反恐任務，相關人員和特戰裝備近年才陸續對外公開，不過相關傳聞仍在外界一直流傳，「涼山上住著一群鬼，他們是涼山特勤隊」的說法也未曾在軍中消失。
