卡片被盜用，還只是諸多風險中的一環。中研院法律研究所資訊法中心2020年11月發表的政策建議書，更直接批評晶片身分證的資訊安全性嚴重不足，具體指出內政部只強調「晶片製造安全」（由台積電製造），卻無視「晶片設計」、「晶片作業系統與應用程序開發」、「晶片寫入設備」、「資訊應用軟體」均為外包，因此存在系統與軟體安全風險。
同樣以鑰匙作比喻，中研院學者的意思是：內政部只強調鑰匙本體是由台積電鑄造，非常安全，卻忽略了這把鑰匙的設計、設計過程用到的工具、拿鑰匙開門會用到的周邊設施，都是外包給民間廠商，當中只要有任何環節出錯，例如設計鑰匙的廠商誤用帶有惡意程式的軟體，造成設計圖外洩，就會讓鑰匙喪失應有的安全性。
「建立資訊系統、尤其是像數位身分證這樣高度敏感的系統，應該有一套嚴格的標準規範。舉例來說，政府要對外部開發廠商做詳細的背景調查、系統原始碼絕對不能隨便讓工程師帶出門⋯⋯，但在數位身分證的系統開發上，我看不見政府有明確規範。」何建明說。
專長軟體工程設計的台灣大學資訊工程系教授李允中建議，政府委外開發戶役政、健保、財稅資料庫等敏感軟體時，應加入技術審查機制；委外的部會應該提供類似Git（一種版本控制工具，可記錄所有人對程式碼的更動）的程式管理機制，當廠商進行備份或轉錄時，應留存登入紀錄；應確保程式碼不落地原則，避免委外開發人員將程式碼留存在個人筆記型電腦中，在下班後攜出。
中研院：eID將成自由民主體制弱點
綜合中研院學者與幾位專家的觀點可以發現，資訊系統從前期軟硬體開發到實際應用、維護管理，就像一條漫長的道路，在「生命週期」中的每一點，都可能成為資安破口。專家所能做的，就只有盡量降低風險，無法確保安全。
事實上，光是過去2年，政府就發生銓敘部59萬筆文官資料外洩、戶政系統當機等意外事件；民間求職網站的會員個資也接連傳出遭竊。由於竊取國人個資，有利於敵對勢力進行「沒有硝煙的戰爭」，在台灣內部製造分化動盪，中研院的政策建議，因而認定數位身分證「將對台灣的自由民主體制帶來立即而重大威脅」。
「既然在台灣，丟資料是『現在進行式』，我們還有必要建一個更大的目標，讓別人更方便偷資料嗎？」何建明提出疑問。
「我並不認為數位身分證『一定』會變成災難，但我也認為中研院學者提出的『威脅』有憑有據，問題出在民間和政府沒有足夠的互信，分別從各自立場出發、各說各話，造成今天的僵局。」一位熟悉政府運作的資訊專家分析，「導入每一項新科技都會同時帶來便利性與風險，但內政部沒有針對利弊得失充分溝通，態度太粗暴了。」
