內政部《宗教團體法》引發宗教界「滅香」疑慮後，現在部分佛教界，將該法上綱到憲法層級，強調相關規定，可能有侵害人民「宗教自由」疑慮，士林地方法院簡易庭庭長李建忠表示，《宗教團體法》草案，強制全國性宗教團體，要成立信徒大會，但什麼是「信徒」？內政部在1995年行政命令訂定原則後，在2016年的草案又多出了三原則，然而，信徒應由每個宗教團體寺廟自行決定，「行政機關去界定什麼是信徒，已經侵犯到宗教自由的核心，違反最基本的政教分離原則。」
李建忠表示，《憲法》第13條規定，「人民有信仰宗教之自由」，然而宗教自由概念是移植自國外文化，對於宗教自由該如何具體保障？從憲法本文，看不到政教分離原則與宗教團體定位，或許是因為憲法沒有明確規定「政教分離」，造成《監督寺廟條例》，長期以來不斷透過「管理」與「輔導」之名，干預宗教團體宗教自由。
內政部「輔導」定義模糊 連建築外觀都要管？
李建忠表示，內政部下管轄全國重大事務，包括戶政、役政、警政、消防等，但獨獨針對宗教有設立「宗教輔導科」，根據《行政程序法》，輔導只是行政指導的一種方式，法律上並不具效力，現在《宗教團體法》草案第57條，賦予內政部宗教事務的「輔導」權力，但對於「輔導」內容為何，則沒有明確定義，完全只是概括性授權，「嚴格說起來，這樣的規定違反《行政程序法》，宗教團體依法可以拒絕輔導，政府沒有強制力。」
儘管如此，李建忠認為，《監督寺廟條例》實施80幾年，內政部對於宗教團體愈管愈多，2013年內政部所頒布《辦理寺廟登記須知》，規定「宗教建築物外觀要符合宗教建築特色」，李建忠特別以法鼓山北投農禪寺與台中大里菩薩寺外觀為例，強調現代宗教建築已經與傳統寺廟不同，「內政部卻連這個都要管。」
寺廟管理原採「住持制」 內政部草案恐讓「管理人」擴權
李建忠表示，《監督寺廟條例》第6條規定，「寺廟財產及法物為寺廟所有，由住持管理之」，並非《宗教團體法》草案中規定的管理人或管理委員會，顯示《監督寺廟條例》1929年立法之初，對於宗教的財產登記，是採「住持制」，而且規定住持一定要是出家人，在家修行居士是不能擔任寺廟住持的。
李表示，他擔任法官20多年，曾經遇過寺廟財產遭侵佔官司，當時該寺廟委託訴訟代理人打官司，但廟方提供的授權書上，住持的名字並非出家人姓名，他詢問委任律師，委託人是否為出家人，律師回答「不是」，他隨即告訴律師該案的代表人資格有問題，「我所認定《監督寺廟條例》就是『住持制』，內政部現在推動《宗教團體法》信徒制、執事制，基本上都違反《監督寺廟條例》精神。」
李建忠表示，寺廟「管理人」的規定，並非《監督寺廟條例》規定，而是後來內政部所頒布之《寺廟登記規則》，「無住持者，由管理人聲請之」，但管理人的權利不應該大到選住持，變成最高決策者。
宗教團體法定義「信徒」 李建忠：違反政教分離原則
更誇張的是，《宗教團體法》強制規定全國性宗教團體，必須要成立信徒大會，事實上，《監督寺廟條例》並無「信徒」相關規定，但到了1995年內政部頒布行政規定多了信徒的原則，到了《宗教團體法》草案，變成了三原則，但信徒與否，該由每個宗教團體自己決定，「行政機關去界定什麼是『信徒』，已經侵犯到宗教自由的核心，明顯違反政教分離原則。」
李建忠表示，宗教團體設立財團法人，是從1991年開始推動，當時主要目的是為了解決宗教團體無法處理不動產，無法向地政機關登記產權問題，「當初開放宗教財團法人的設立，某種程度上是政府好意，但是依我看這是不對的，宗教團體根本不能適用財團法人規定。」
李建忠說，財團法人是因為是財產的結合，所以在財務監理上，採取「他律」原則，這和社會團體與宗教團體是「人的結合」，是完全不同組織型態，財團法人董事長如果難產，主管機關可以介入管理，但立案財團法人的寺廟，如果發生董事長鬧雙胞難產，由法院指派，這樣做法是不對的。
《監督寺廟條例》曾2度違憲 內政部離宗教自由有多遠？
李建忠表示，從2004年大法官會議作成釋字573號解釋後，《監督寺廟條例》已有2個條文被宣告違憲，然而過去13年，主管機關內政部應該做的，就是制定一個合乎憲法、可以保障宗教團體自主權，與組織人事財務的自主權的法律，然而《宗教團體法》10幾年來「六進六出」立法院，顯示主管機關內政部，是否有體會到宗教自由與宗教團體自主權精神，還有很長一段路要走。
