不過，原本支持的集義公司，後來在台南市府2018年8月審查「台南榮民之家」配合台鐵增設「林森站」的遷建計畫，對於南鐵地下化工程持續延宕，表達了嚴重不滿，甚至揚言將反對土地徵收。
面對自救會抗爭疲於奔命 南市府還與集義多次折衝
根據日後公布的會議記錄，該公司在都審會中表示，該公司長期配合南鐵案都市計畫之審議作業，「由於審議過程中（台南）市府面對自救會之強力抗爭，處在疲於奔命的應付狀態，當時本公司接受市府高層建議，將本公司所有的陳情訴求皆併在本次榮家案，市府高層承諾會在整體作合理回應處理。」
根據台南榮家都審會會議記錄，台南市府為了推動南鐵地下化，曾與集義公司多次折衝，但集義公司批評南市府無法維持彼此之互信尊重，每每換了一個長官（包括現在的賴院長、國發會的陳主委、營建署的吳署長)，就要再將整個過程重新陳情一次，一定要等到翻臉、甚至於欲召開記者會、才又擺低姿態謹慎與本公司進行討論。
集義公司當天痛陳，林森站原本可藉由本榮家案，由徵收方式改由整體開發，公部門可藉此無償取得車站土地以節省公帑，也符合自救會一直所提的，非必要不得以用徵收方式取得鐵路用地，但如今公部門為求工程進度，捨此條路執意以徵收方式取得，「本公司將會與自救會站在同一目標（非必要不得以用徵收方式取得鐵路用地）爭取公司基本權益」，後續鐵道局提送東區與北區徵收計畫書時，本公司會繼續陳情地政司，請地政司委員審視其實南鐵案還是有徵收瑕疵的，「到時候鐵道局與市政府在南鐵案的進度，將會面臨進退兩難的窘境。」
「又被市府耍了！」集義控開發案禁建多年嚴重侵害利益
根據集義公司2018年9月17日在臉書的貼文，集義的「忠孝自辦市地重劃區開發案」，配合南鐵地下化工程，已經被禁建8年多，嚴重侵害公司利益；文中指控，南市府8月公展的台南榮家遷建計畫都市計畫變更，其內容更是危害公司權益甚鉅！
文中強調，集義公司重劃工程待本都更案（台南榮家遷建案）發布實施後即啟動，但榮家遷建尚未動工，加上鐵路地下化「公道26地下月台」工程進度必定無法配合重劃工程進度，本區細部計畫道路被封閉無法開通，該公司完成自辦重劃工程後依然被封死，如同「裡地」無法開發興建。集義公司對於其自辦重劃案，必須要等到2022年才能進行後續土地開發，表達嚴重不耐，「本公司當場驚覺又被市府耍了一次」。
根據台南市地政局核定之「忠孝自辦市地重劃區重劃計劃書」，該計畫總面積為1.71公頃，該地比鄰台南榮家，市地重劃計劃獲市府同意後，捐地比率不得低於20.4%，重劃後設置住宅區面積1.36公頃，在台鐵增設林森站後，將可享受到土地上漲之利益。
為配合台鐵設站，台南榮家將遷移至台南平實營區，今年5月，副總統賴清德才親自出席「新台南榮家」的動土典禮，預計2023年才會完工。由於集義公司是台南榮家遷移的主要受惠者之一，根據「忠孝自辦市地重劃區重劃計劃書」，台南榮家拆遷費用資金需求計8256.43萬元，經費擬由台南集義股份有限公司先行出資。
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