陳誠起初「對該刊甚表嫌惡」，王雲五則告訴陳誠，胡適已去函編委會，該函「措詞公正，責備尤嚴，該刊若為刊布，顯然有悔過之意」。三十一日王雲五並將胡適該函送交陳誠院長，陳誠「即席細閱」，並與張群稍作討論。事後，張群告訴王雲五，陳誠的態度好轉，「可望設法緩和該案」。
在刊登〈胡適之先生給本社編輯委員會一封信〉後，《自由中國》雜誌針對雜誌的內容也做了調整，自一九五九年五月一日起取消短評，社論仍照台灣通例不署名，儘管事實上困難甚多，讀者投書盡力照胡適意見調整。之後臺北地方法院檢察處就未再傳訊雷震，最後檢察官也未起訴雷震，整個事件告一段落。然而，這篇〈革命軍人為何要以「狗」自居？〉投書，日後卻又在雷震被捕後，成為起訴書、判決書中的「罪證」之一。
胡適文章刊登的餘波
另一方面，《自由中國》內部對於胡適文章的態度，以及處理方向，則仍有爭議。針對〈胡適之先生給本社編輯委員會一封信〉，四月三日《自由中國》社論委員會上，宋文明仍表示不贊成發表，認為代價太大。多年以後，傅正為雷震這段時期的日記做注解時，指出：
很顯然，胡先生是希望採自責的低姿態來化解這件訟案。但我這個一手負責處理「讀者投書」包括陳懷琪投書在內的編者，而且又是一手負責撰「短評」稿的編者，當時也是寧可我去坐牢乃至殺頭，也無法完全同意胡先生的看法。
但胡先生的好意我們不能不承認，尤其胡先生的意見我們不能不尊重。所以，在蔣經國政工幫一手導演的「陳懷琪讀者投書案」，在當時的環境下雖然不得不用發表這種道歉式的信表示屈服，但我當時內心的無限痛苦和高度憤慨，到現在註到這段日記時，雖然已超過三十年，我還是記憶猶新。特別是使我對蔣經國政工幫，乃至警備總部這種非法的黑單位的卑鄙、無恥、下流，永生難忘。
圍繞著胡適這篇〈容忍與自由〉，《自由中國》展開了一連串的文字討論。一九五九年四月一日出刊的《自由中國》第二十卷第七期，刊登來自毛子水、殷海光的討論。毛子水讚揚胡適的主張，認為「我們不能因國家而損害國民的自由。但若國家敗壞，則國民的生存且成問題，何況自由！這是爭自由的人所不可不知道的」。戴杜衡對此曾向雷震表達不滿，認為毛子水「是責備我們」。而殷海光的評論，基本上對胡適持恭維的態度，不過文末仍提出了基本角度的差異：
自古至今，容忍的總是老百姓，被容忍的總是統治者。所以，我們依據經驗事實，認為適之先生要提倡容忍的話，還得多多向這類人士說法。我們認為胡先生不應以這個社會對你底「無神的思想」容忍為滿足，而應以使千千萬萬人不因任何「思想問題」而遭監禁甚至殺害為己任。
