在暫編55師的日子，讓李卓才感到自己在軍校7分校接受的訓練被埋沒了。而且暫編第55師雖名義上是中央軍的隊伍，實際上卻缺乏裝備與訓練，在對日作戰的表現上也不好。李卓才尤其不習慣吃北方人吃的麵條，可是戰爭越是打到後面，國軍的物資就越少，甚至連麵條都吃不到，只剩下玉米、雜糧還有大饅頭可以充飢。
北方的生活，在老人家的印象裡可以稱得上是難過的不得了，甚至整個村莊裡面也只有一口井水讓官兵們喝，生存環境相當惡劣。更重要的是，他身為湖南人，在河南人的部隊裡面遲遲升不了官。李卓才一直等到1944年，才被調到由孫元良將軍擔任軍長的陸軍第29軍，擔任特務連的中尉連長，他主要的工作是保衛前線指揮所的安全。
1944年12月，經由發動「一號作戰」打通大陸交通線的日軍，試圖一鼓作氣經由貴州獨山打到中華民國戰時首都重慶，徹底解決所謂「支那事變」。孫元良親自率領900精兵攻入獨山，與日軍第3師團短兵相接。幸運的是，日軍支那派遣軍司令長官岡村寧次頭腦還算冷靜，知道日軍在打通大陸交通線後，已經無力再往重慶發動攻擊。
於是岡村寧次傳達命令給獨山的第3師團長山本三男，要求他立即將攻入獨山的部隊撤出。所以當李卓才隨29軍主力攻入獨山時，其實日軍已經準備退出。不過中日雙方的部隊還是有許多短兵相接的機會，李卓才就記得日軍會利用夜色掩護行動，所以相互交火的機會非常之多。不過日軍之所以在夜間行動，顯然是為了從29軍的包圍網撤退而已，雙方的戰鬥只持續三星期就結束了。
湘西會戰贏得最後勝利
2013年上映的電影《金陵十三釵》中，曾出現國軍教導總隊官兵掩護女學生逃離日軍魔掌的精彩畫面，而身為孫元良子弟兵的李卓才，在與日軍獨山交火的同時，也真的為逃往大後方的難民提供掩護，其中包了女學生。所以相對於和日軍的小規模衝突，李卓才最感欣慰的還是他曾經挺身而出保護過中華民國的子民。
獨山保衛戰結束後，中華民國的國運大體是保住了，不過岡村寧次隨即又發起湘西會會，試圖攻陷美軍在華第二大飛行基地芷江。身為湖南人的李卓才，立即被派到以湖南人為主體的第29軍193師，迅速殺回湖南編入陸軍第73軍的編制參戰。陸軍第73軍是一支高度「中央化」的湘軍部隊，基層士兵也都是由湖南人組成，顯然讓李卓才待起來比較得心應手。
第193師在湘西會戰期間以武陽、武岡一帶與日軍交火。無論是29軍也好還是73軍也罷，都不像新1軍或新6軍那般獲得美式裝備，還是以中正式步槍等國造武器為主。不過相對於獨山會戰時，日軍躲在山上，他們必須由下向上仰攻的情況來看，湘西戰役還算是比較好打了。重要的是，他們只要在地上舖白色板子，就能召喚美軍飛機空襲日軍目標，獲得中美空軍的絕對空中支援。
