即便鄭南榕遭判刑，也在獄中請邱謙城找來代理總編，當時代理總編火力不減，有天就特別吩咐邱謙城：「小邱注意一下，下期發行要注意，不要被盯了，有個很震撼的內容！」邱謙城親自看過內容，那期是要發蔣經國年少時期在西伯利亞做人質時的「家書」，家書內容是痛罵蔣介石如何「匪類」、如何欺負蔣經國的生母毛福梅，說爸爸回家就打媽媽、抓著媽媽頭髮從二樓拖到一樓、痛批爸爸「禽獸不如」──警總得知風聲當然是抓狂，但《自由時代》依然不畏警告照刊，只是退讓到修去一些激烈字眼。
邱謙城說，當時警總對雜誌的管制手法有幾種，第一就「查禁」，警總去書報攤抓到的話直接沒收，至於雜誌社就吸收書店的成本損失，這點《自由時代》比較沒在怕：「至少我們還可以上市，就算流通他去查禁，全台灣那麼多書店，會買黨外都是出刊前一兩天就買買買完了，剩下你要查禁就查啊！」
如果查禁還是查不怕、或是警總預先掌握要出刊的內容實在無法容忍，這時候就會祭出「停刊」。當時黨外雜誌要申請執照、一旦執照被停就不能出版，但鄭南榕早就想好了──早在創立《自由時代》時，鄭南榕就找了一堆有大學文憑的親友一起幫忙申請執照、一次申請20幾張，這張被停刊就換下一張、停刊期滿就可以繼續回來用，雜誌也因此有20幾種名字，「爭鳴時代」、「獨立時代」、「創造時代」、「台灣時代」，換來換去，名字都不脫「時代」以方便讀者記憶。
當局用法律管束言論，鄭南榕卻掌握這套遊戲規則，被查禁就吸收成本、被停刊就亮出另一張合法執照繼續發，這樣下來，當局也祭出了更嚴厲的地下控制，拚命阻止你去印刷廠、阻止你把雜誌送到書局手裡、從根源不讓雜誌被產出──這樣的話，應該對被監控的感覺習以為常了吧？「我們就把他當『正常』。」當時會怕嗎？「那時候不會怕，那時候戇膽（gōng-tánn，台語），怕什麼？」擔綱《自由時代》發行印務出版的昔日菜鳥邱謙城，就憑著敢衝敢做、膽大心細，一步步成了跟警總對戰的老江湖。
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要避免雜誌被警總抄掉，從源頭就做好控管。邱謙城說，當時沒電腦，記者稿子都用手寫、寫好了要拿去打字行印、打完一定要把原稿帶回，後來鄭南榕決定在辦公室成立打字部，一群打字團隊在截稿日進來打到凌晨、由員工護送他們回家，再由美編剪貼文字照片排版、照相翻拍製成印刷陽片陰片，接著就開始送印刷廠、印好配貨給經銷商了。
邱謙城說，當時鄭南榕也深知雜誌社裡會被警總安排「眼線」，因此每個部門分工斷點非常清楚，當雜誌內容開始送印，就全程是發行組的事了，「我所有稿子拿著就出門去，我到哪都沒人知道，除非我有困難才會打給Nylon，沒有的話Nylon就在家等出刊……他很信任我，所有辦公室的人都不能問我行蹤。」
