但由於林盈達當初為了兼顧新竹交大的教職，當時在電信技術中心董事會上，要求台北、新竹往返的計程車費用，列報交通補助，比當時NCC委員每月所能支領交通補助4980元還要高，由於當時有不少黑函爆料，林後來也在2011年5月辭去該中心執行長職務。
據了解，林盈達目前仍是交大資工系教授，未來出任國研院副院長，可能會是以合聘或借調方式，讓林繼續保有交大教職。
林盈達:羅淑蕾刻意誤導，借調期間只領財團法人電信技術中心月薪19萬
針對羅淑蕾指控，林盈達則澄清指出，他於2010-2011借調財團法人電信技術中心期間，只領取該中心的月薪19萬，同時間，交大薪水與計劃主持費等全職與兼職收入，依借調規定全停止，但當時國民黨立委羅淑蕾質詢時，不知為何，竟然把這兩邊薪資加起來，指他月領38萬，完全是以錯誤資訊故意誤導社會大眾。
此外，針在接電信技術中心執行長前，他跟董事會提出新竹與板橋之間的派車交通需求，董事會在他上任前通過租賃案，不需專屬配車及司機，經費會更節省。當時借調那一年大部分是一去二回、三去四回，五留在交大。
林盈達表示，「 風傳媒刻意將參與反服貿與我的職位聘任案聯結，事實上幾個聘任案的被推薦管道與時間點都不同，不是單一主管的決定。唯一相同的是，本人一直抱持為台灣建立更好的資通訊安全、與研發體制的專業與熱情。」
根據行政院內部人士轉述，陳良基過去在蔡英文總統競選期間，是「科技政策白皮書」的主要操刀者，在綠營上台後，陳良基原本是科技部長的不二人選，但當時因為科技政委由台大應力所教授吳政忠出任，由於科技部長掌管每年上千億元的科技預算編列，為避免學閥現象產生，依據過往慣例，科技部長與科技政委不宜由同一所學校教授出任，因此，陳良基被安排出任教育部次長。
陳良基接科技部長 主導能力愈來愈強
不過，今年初內閣微調，時任科技部長的楊弘敦遭到撤換，內閣當中最有能力詮釋綠營科技政策的陳良基，接下了科技部長的位子，包括亞洲矽谷、生醫產業等進度落後、外界觀感不佳的計劃，也從國發會等單位，轉由科技部操刀，陳良基不僅多次為「亞洲．矽谷」方案，接受媒體訪問，亞洲．矽谷最近的人事安排，陳良基的主導能力也愈來愈強。最近出任亞洲．矽谷國家級投資公司總經理翁嘉盛、顧問楊啟航、廖如圭等人，在陳良基擔任國研院院長時，都有很深的淵源。
由於國研院未來在推動國家生技園區、AI人工智慧等領域、沙崙綠能科學城，扮演重要角色，未來4年科技部單單在人工智慧部分，就將投資國研院旗下國網中心50億元預算，推動超級電腦升速，從政策推動角度，上述人事安排也有跡可循。
