事故的官方調查報告在1997年出爐，報告寫道，最致命的原因在於船首門鎖頭故障，在強風巨浪推打下，船首門因此大大敞開，導致海水蜂擁灌入船艙，船身很快就翻覆了，並以極快的速度下沉。
然而，許多船難生還者卻透露，在船隻下沉前約半個小時，曾經傳來巨大的爆炸聲響，懷疑船隻是遭到攻擊或撞擊才會下沉。這種猜測也與許多推論不謀而合，不少專家都認為，以愛沙尼亞號的設計來看，即使翻覆後應該也能在水面漂浮，不至於下沉的那麼快。
此外，波羅的海航運極為繁忙，平均隨時都有2000艘以上的大小船隻，但這一點卻變成這起事故的劣勢之一。因為當時的專家預期，任何事故發生時四周都有許多船隻可以協助，海上救援隊的規模也是針對人數較少的災難而設計。根據紀錄，共有五艘郵輪在第一時間趕赴現場，卻因為救生艇難以靠近，總共只救出34人，反而是直升機成功救出104人。
政府逃避調查？
過去20多來，此案生還者和罹難者家屬極力爭取，希望政府各單位重新展開完整調查。他們組成一個自救會努力遊說政府，但愛沙尼亞、瑞典與芬蘭政府卻置若罔聞，甚至可說是極度不願意重新碰觸此議題。《衛報》指出，各國政府拒絕讓船重新浮出水面，
1995年，鄰近國家甚至簽署了《愛沙尼亞協約》（The Estonia Agreement 1995），將愛沙尼亞號的沉沒地點劃定為「不可侵犯」，不准任何人靠近殘骸，由芬蘭海軍代為監管至今。也因為如此，船難原因的調查報告僅能由遙控潛水艇完成。
不過，該協約只能約束簽署國的公民，包括愛沙尼亞、芬蘭、瑞典、拉脫維亞、波蘭、丹麥、俄羅斯與英國。因此國際媒體《探索頻道》（Discovery Networks）日前為了拍攝記錄片，再度以遙控潛水艇近距離拍攝愛沙尼亞號的殘骸，並在船身發現一個4公尺長的大洞。專家認為，只有「極大外力」可能造成如此破壞，再度令人想起生還者的供述。
生還者萊因塔曼（Carl Eric Reintamm）也曾表示，自己當時在郵輪邊的水面下看到一個模糊白色物體，但他的證詞至今沒有被任何調查人員或專家採用過。
「我相信，真相比人們至今被告知的事還驚人，」萊因塔曼說。
該紀錄片團隊由挪威公司「岩水」（Rockwater）為調查主力，瑞典記者艾維特森（Henrik Evertsson）主導，但瑞典簽署了1995年協約，艾維特森因此正接受司法調查。
但艾維特森曾表示，再度檢視殘骸「是新聞工作的本質，也非常重要」，儘管理解法律風險，還是必須一試。如今果然發現無法忽視的證據，終於迫使政府面對這場驚天災難的真相。
Head of MS Estonia investigation: Estonia sank on collision with submarine#Estoniahttps://t.co/VsrHMCaB8a
— ERR News (@errnews) September 28, 2020
