他指出，如果開發和發展對蔡政權非常重要，不下於環保和原住民轉型正義，她乾脆明白講，她沒有那麼進步，她是一個「中間派政權」，但是她沒有，因此他必須質疑，這個政權的基本信念與價值，有沒有像她宣稱的那樣到位。
「原住民轉型正義『不是全有，就是全無』」 吳叡人：當公共政策加加減減是很大錯誤
其次，是領導者對改革議題的認識是否足夠。吳叡人認為，蔡政府恐怕完全低估、乃至於錯估原住民轉型正義的性質與難度，因此做出「難以實踐的諾言」，所謂難以實踐，不是他們沒有能力做到，而是「沒有要做到那個地步」的意願與覺悟，要是早點把事情弄清楚，他們可能不會同意，也可能不會做出那樣的承諾。
吳叡人說，轉型正義涉及的是基本價值，特別是原住民轉型正義，涉及原住民主權、原住民認同，而原住民認同的核心就是土地，「不是全有，就是全無」，不像其他的公共政策一樣可討價還價，蔡政府把與自己政黨、政權的核心價值、正當性基礎，以及族群正義相關的問題當成簡單的公共政策，加加減減，「是很大的錯誤」。
傳統領域的爭議，始自原民會去年8月提出的《原住民族土地或部落範圍土地劃設辦法》，該辦法本有納入私有地，但11月在行政院審議時，張景森以在私有地行使諮商同意權違反《憲法》對財產權的保障為由，決定在相關立法完成前，私有地先排除於傳統領域。張景森事後也因此與原住民團體多次槓上。
吳叡人說，蔡英文也許有很良善的用心，想處理原住民轉型正義，但她對問題本質的認識可能不夠，如果有足夠的認識，「她不會讓『大政委』對此一直講話」。
吳叡人：蔡英文應對「承認原住民主權」做政治宣示
擔任總統府原住民族歷史正義與轉型正義委員會（原轉會）土地小組召集人的東華大學財經法律研究所副教授蔡志偉（Awi Mona）曾主張學習加拿大作法，亦即國家透過與原住民簽訂條約，以政治宣示先確認原住民的傳統領域，而這個空間如何治理，則另外透過法律規範安排。吳叡人認同蔡志偉的看法。吳說，傳統領域幾乎就是原住民主權的象徵，要轉型正義，國家必須先承認原住民的主權，實務上要怎麼處理土地的問題，再來討論。
陳水扁在2002年代表政府與原住民簽署《原住民族與台灣政府新的夥伴關係再肯認協定》，其中的第1點，就是承認原住民的自然主權。吳叡人說，依世界通例，不論加拿大或紐西蘭，國家都必須先「象徵性」的承認原住民主權，再透過國家與原住民簽條約的方式，協商原住民加入這個國家的條件。陳水扁的作法，比較像是意向表達，還沒有正式的簽約，但有承認原住民主權，蔡英文則恐怕沒有公開這樣講過，民進黨內也沒有多少人對這個問題有足夠認識。
