實質選擇權和股票選擇權本質上並沒有不同，差異在於股票選擇權的標的是股票，實質選擇權則對應的是一個實體的公司或者計劃
以藥廠開發藥品為例，由於開發一款新藥需要投入大量資本、人力以及時間，開發出來的藥品還得經過FDA認證，最後上市後還有使用者（醫生、病患或保險公司）是否買單的市場風險，因此開發一款新藥「是否划算」的計畫評估，多半不能如一般企業評估是否購入廠房或者生產機器那般，直接假設投入全部所需資本，然後估算未來淨現金流，從而到達淨現值（NPV，Net Present Value）。若以這種方式計算，多半淨現值會為負值，導致無法進行投資，因此藥廠多半採用實質選擇權理論進行評估。
以實作來說，FDA的三階段認證是實質選擇權的最佳應用。比起一口氣進行風險很高的大規模臨床試驗，每一個階段逐步擴大臨床試驗範圍和評估項目，是最佳的策略。新藥開發者就可以在每一階段後，決定是否繼續投入資本進行下一個階段，或者重複同一個階段，或者放棄。這個透過投入部分資本取得新資訊（是否值得進入下一個階段）的權利，可以讓一個淨現值本來為負值的新藥開發案轉為正值，因此實質選擇權理論也就成為藥廠、礦業能源公司廣泛應用的工具。
同樣的理論也是新創產業的根據。
事實上新創本身就是不折不扣的實質選擇權，從種子階段開發原型，到A輪實現營收，到B輪證明營收可以持續成長，到C輪追求成長，新創每跨過一個階段，風險係數就下降，生存率和成功率提高，分階段投入資本可以讓投資人透過實體選擇權的特色，將本來橫看豎看都看不到現金流出現的可能、淨現值肯定是負的新創，轉換為值得投資的標的。
這個實質選擇權的價值，取決於一間公司核心資產的可應用範圍，將該資產轉換成營收所需的額外資本需求，乃至於該資產面對競爭的防禦能力。當一個資產的可能價值波動性越大，表示可能的額外獲利（upside）就會更大，該選擇權價值就會更高。以後期新創來說，其已經建立起來的核心資產如果具有破壞既有市場和創造新市場的可能，其選擇權價值往往可以高過由現金流推估的基本面估值。甚至以早期新創來說，因為缺乏穩定的營運現金流，其價值幾乎完全來自於實質選擇權。
但實體選擇權到底值多少錢，即使是在FDA認證和新藥上市銷售金額等歷史數據豐富的製藥業，也是非常難評估的，換成試圖創造全新市場或者顛覆既有市場的科技新創，計算該選擇權的價值幾乎是不可能的任務。
這也是為什麼新創的估值往往讓人看得霧煞煞，一方面我們看到專業金融投資機構參與Uber的鉅額融資輪，給出驚人的天價估值，另一方面我們看到華爾街日報等專業金融媒體緊咬著Uber公布的巨額會計損失不放，高喊泡沫將破。
