瑪麗也決定尋找自己的情人，並擔心自己是性冷淡。同時，她也把精力投入到研究中並從中得到慰藉。
探索女性性慾
瑪麗的動力來源於她對知識本身的渴求，以及對女性性慾和性快感的了解和追求。
1924年，她以A.E. Narjani的筆名發表了一篇名為《關於女性性冷淡解剖學原因註解》的文章。
美國喬治亞州埃默里大學行為神經內分泌學教授沃倫表示，瑪麗對性交時從未有過高潮感到沮喪。
沃倫教授對BBC表示，瑪麗不接受只有通過直接刺激陰蒂才能產生性高潮的說法。
在瑪麗看來，如果女性在插入式性交過程中無法達到性高潮說明是生理構造上的問題。因此，她提出了一個理論：女性的陰蒂與陰道之間的距離越短，在性交時經歷性高潮的機會就越大。
為讓自己的這一理論成立，瑪麗還收集了240多名女性陰蒂與陰道之間距離的測量數據。
但沃倫教授表示，瑪麗並非是系統性的收集這些女性的數據，而是根據女性尋醫看病時所講的一些軼事見聞而已。
據說，瑪麗根據這些女性陰蒂到陰道口的距離把她們劃分為三組。
另一名研究瑪麗・波拿帕的專家，美國印第安那大學生物科學系博士勞埃德教授對BBC表示，瑪麗有一個有趣的假設，她認為女人生來不同。這就是為什麼她們在性交過程中有著如此不同的感受和反應。
但勞埃德博士表示，瑪麗的理論把一切都歸於女性本身的生理構造上，忽視了其他方面：例如心理成熟度或是該名女性生活是否完滿、神經質或是性冷淡等。
瑪麗・波拿帕成為佛洛伊德的學生（BBC中文網）
因此，瑪麗相信如果女性通過手術矯正的方法挪動陰蒂的位置，讓它更靠近陰道。那將有助於女性達到性高潮。
不幸的是，瑪麗大錯特錯了。
沃倫教授說，有些女性手術後失去了所有的感覺，手術簡直再糟糕不過了。
但是，瑪麗仍堅信自己理論的正確性。她甚至自己親身實驗接受手術，毫無結果。不過瑪麗並不氣餒，她一連做了三次手術。
勞埃德博士解釋說，陰蒂周圍有許多神經，當你切割陰蒂時不但不會讓你增加快感，反而正相反，因為你切斷了非常重要的神經。
勞埃德補充說，瑪麗認為外科手術是讓女性在性交中達到高潮的唯一辦法。
佛洛伊德的摯友
瑪麗・波拿帕是佛洛伊德的病人、學生、摯友（BBC中文網）
雖然通過手術獲得性高潮的做法落了空，但瑪麗並沒有放棄。她繼續從事性研究工作。
1925年，瑪麗慕名到維也納拜見聲名鵲起的心理分析家佛洛伊德（Sigmund Freud）。佛洛伊德是當時巴黎醫學界人人談論的人物。
湯普森在其論文中說，瑪麗在佛洛伊德那裡找到了她迫切需要的東西：一種新父愛。
