對於鄧小平的「一國兩制」的主張，蔣經國當年始終非常懷疑，堅決反對。早在1982年10月，蔣經國就對美國《新聞週刊》記者批判 「一國兩制」：中共不守信用，任何期望中共允許臺灣與大陸統一後能保留單獨的社會經濟制度，是不切實際的。蔣經國說，中共不允許大陸人民有自由，卻允許臺灣人民有自由，這種想法太天真；大陸人民不能隨時向中共建議改革，卻允許臺灣人民將來隨時提出改革建議，簡直是幻想。
1984年5月20日，蔣經國告訴雷根總統特使劉易士，中共「曾提出一個國家，兩種制度的說法。兩種制度同時存在於一個國家中，是不可能的。中共不過是用此來引誘我們，我們不會上當的。」他還說「我們中華民國政府的政策是不會變的。... 我們對中共的政策是不屈服，不妥協，因為屈服與妥協，將造成我們的毀滅。」
1984年10月7日，參謀總長郝柏村在日記中寫道「中共與英國公佈香港協議為大陰謀，大騙局，大統戰。中共收回香港主權，又保持香港現在社會型態，其作用有二：一為對我統戰，企圖以香港模式解決所謂臺灣問題；二是使香港人放心，事實上等於西藏協議。」郝向蔣經國報告「中共是否信守對香港的承諾，關健繫於中華民國是否繼續壯大」，蔣經國同意。10月16日，蔣經國向國軍高層指出「我愈堅強，中共對我陰謀愈狠毒，中共所謂和平即為戰爭，吾人加強戰備，應就可能封鎖諸方式妥籌對策，中共一切措施均為謀我，我應堅定，堅強，堅決，我之成敗，武器固要加強，但關鍵仍在民心士氣，應創造對自由世界有利的變化。」
中華民國外交部於《中英聯合聲明》簽訂當日立即發表聲明，除重申香港為中華民國固有領土外，亦譴責英國罔顧港人維護自由及經濟繁榮的意願，呼籲國際社會給予港人正義的支援，同時闡明中華民國政府對香港問題的重視及對港人自由、福祉及安全的關切，並將採取各項措施支持香港同胞爭取民主及維護自由、安定與繁榮的生活。行政院院長俞國華也於同一天宣布政府支援香港僑胞的十一點政策指導綱領。根據這一綱領，除對香港僑胞回臺有關事項提供諮詢、服務與協助外，對願意回臺經商、定居的香港僑胞亦承諾給予各種便利。
1985年1月29日，宋美齡自美國密電蔣經國，針對《中英聯合聲明》，建議蔣以中華民國政府名義，發佈一單邊性鄭重聲明，在臺合法政府責無旁貸，為香港人民利益着眼，1997後，允許英國「托管三十年」，並強調在此三十年托管期間，英國「須增強香港立法局，行政局內民選代表主持掌握管轄港政府各階層施政機構」。宋美齡指出「若我允三十年托管以反統戰匪案，亦不可謂喪失權利也」。蔣經國回復「大人指示各點出自睿智」，已交行政院「切實研究肆應」。不過，蔣經國可能認為，在中英已簽署《聯合聲明》後，中華民國才主張允許英國托管香港三十年為時太晚，所以宋美齡的建議不了了之。
