那麼，兩李的關係到底何時起了變化呢？李煥先生告訴我，應導源於彭明敏返台事件。1990年7月，李登輝總統召開「國是會議」，準備邀請流亡在美國遭國內通緝的彭明敏先生參加。事前即大約-1990年初，李總統於總統府邀集李煥院長、俞國華先生、李元簇秘書長、國安局宋心濂局長、國民黨宋楚瑜秘書長等人討論以何方式讓彭明敏返台。李登輝認為彭應可像一般國民一樣自由入境，不必考慮其曾被通缉的問題；李煥則以為彭乃遭政府通緝中，應依法於入台後先到司法機關辦理自首手續。會中兩種意見各有附和者，但李登輝則頗堅持他自己的看法。最後會議沒有結論，李登輝很不高興不發一言地拂袖而去。臨走之前還講了一句：「你們是不是欺侮我是台灣人！」令與會者面面相覷。彭明敏最後係於法院在1992年撤銷其通缉後始返台。
李登輝應該沒有什麼省籍偏見，但他顯然很清楚他的「台灣人」身分，是他極大的政治資產，有必要時他加以運用的。
1990年2月國民黨發生可說意在挑戰李登輝的「二月政爭」，李煥站在挑戰者的那一邊。且於汹湧波濤的國民黨中全會中發言力挺挑戰李登輝的「票選派」。三月，舉行選舉總統副總統的國民大會，李登輝、李元簇競選總統、副總統，曾聯袂前往李煥家裡拜訪有國大代表身份的李夫人潘香凝女士，李家門戶緊閉無人接待，李登輝兩人留下名片而去。有人認為這應是李登輝與李煥關係越來越冷終至幾近破裂的轉捩點。對此，李煥先生解釋，他事前曾懇切向總統府反映婉謝拜訪，以為總統不會去，所以家裡沒有做接待的準備。事後他也為此寫信向李總統致歉說明。不過，李登輝在李煥家的此一吃閉門羹的遭遇，很引起不少台籍工商大老對李煥的不滿，台籍工商大老常在李登輝身邊走動的陳重光先生就曾憤憤不平地對我說：「這是對台灣籍總統的不敬，如果是蔣介石、蔣經國他敢這樣嗎？」事情演變成這樣，恐怕非李煥先生始料所能及。但此也種下李煥先生必須卸下行政院長職務的原因。
在李煥先生擔任行政院院長期間，新加坡總理李光耀又到台灣訪問，李煥曾陪其參觀。李光耀離台前李登輝設宴送行，李煥夫婦受邀作陪。李煥夫婦於李光耀到場前先行到宴會所在，李煥並很恭謹地向李登輝報告陪同李光耀參觀的經過，可是李登輝反應非常冷淡一副愛理不理的樣子。李煥先生告訴我他的夫人非常難過，並提醒他說他們追隨蔣經國一輩子，蔣經國對他們都是客客氣氣的，從未像李登輝如此冷淡，不要幹算了。1990年6月，李煥離開了行政院長的職務。
李煥先生任行政院長職務時年事已高，其黨權又已被拿掉，而李登輝的統治權已日形穩固，外省籍可用而可信任的中生代政治人才不少，對李登輝而言，李煥的階段性任務已完成，已失去利用的價值。以李登輝的權謀和政治性格，他的對李煥冷淡，並不令人意外。所以，在1990年4月29日李煥先生與我在來來飯店（現在的喜來登）二樓安東廳一邊喝咖啡一邊聊天長達二個多小時的長談中，當他告訴我，他已準備去函李登輝表達辭去行政院長職務之意，並同時向李登輝推薦接任人選時（他唸了四個他要推薦的名字，其中有林洋港，但並無連戰和後來實際接他的郝柏村），我內心對李煥先生這位我曾在青年救國團、國民黨中央黨部和行政院三度追隨過的老長官，一方面為他所受李登輝的冷淡對待深表同情與不平，一方面也很想告訴他以當時的政治情勢和他們兩李的關係，以及李登輝的政治性格，他向李登輝推薦繼任人，實在是「多此一舉」，也一定是「徒勞無功」。不過，我忍住了沒有講。
