1999年，李登輝在卸任總統前一年出版《臺灣的主張》一書，之後再發行日文和英文版。該書討論臺美日關係頗多，對臺灣海峽兩岸關係有兩大述說：一、定義臺灣為中華民國在臺灣；二、分割中國為七部分（臺灣、西藏、新疆、蒙古、華南、華北、東北），各自競爭發展以維持安定。後者即引起軒然大波的「中國七塊論」。
他甚至挑撥的唆使西藏，新疆也應獨立，挑刺大陸敏感政治神經。
李登輝卸任後表示：「臺灣是一個主權獨立的國家，他的國號叫做中華民國」或「中華民國是一個主權國家，他的領土範圍在臺澎金馬」。他在2000年選擇不競選連任並卸任後與日本學者中嶋嶺雄合著的《亞洲的智略》一書即表示「中華民國在臺灣大致上可分為兩個時期，蔣介石、蔣經國統治是第一時期，因為，憲法都是在中國內戰時訂下的。現在，臺灣的憲法不但經過大幅度修改，過去的立法院也已全面改選，老立委退職、國民大會虛級化、臺灣省已經『凍省』了、總統由人民直選，臺灣經歷了這些重大變革，憲法與政府結構也已經重組，這就是第二共和。」
李登輝卸任後完全變了樣。不僅在統獨議題上背叛了蔣經國的託付，成為絕對的台獨主義者。
在民族，國家認同上也是匪夷所思，2015年，李登輝在日本雜誌上表示：本來直至七十年前為止，日本和臺灣原本就曾經「同為一國」。因為曾「同為一國」，故不存在有臺灣與日本打仗（抗日）這樣的事實。我志願進入陸軍，而我的兄長李登欽則志願進入了海軍。當時我們兄弟倆無疑地是以作為一個「日本人」，為了祖國而戰。
李登輝於總統任內的1996年曾表示釣魚臺屬於中華民國臺灣省，但 2002年9月16日在臺北接受日本《沖繩時報》專訪時說，有關釣魚臺領土問題，「中共主張是他們的領土，這是因為當地有石油蘊藏量問題，但中共在那些島上沒有駐軍，釣魚臺顯然是日本領土。」他更公開批評「保釣」人士。對香港保釣人士登島不以為然，認為煽動臺灣漁民「保釣」。
2008年9月24日，在沖繩縣知事仲井真弘多主辦的午宴上，李登輝重申「尖列島無可爭議是日本領土，不存在主權問題」。（以日本的稱謂稱釣魚台
2011年1月，在接受《文藝春秋》專訪時，重申了以上立場。
2014年在日本出版的「李登輝送給日本的話」中說，「釣魚臺列嶼不歸屬臺灣，這是毋庸置疑的事實」。在臺灣最先提出這個問題的是馬英九。2000年民進黨當政，行政院長游錫堃把釣魚臺列嶼列入宜蘭縣頭城鎮，「再也沒有比這更愚蠢的事了，不只是中國，連臺灣的政府要員都在欺騙人民」。
