（三）2005年，航發基金與中技社認購75億特別股
2005年9月，台灣高鐵以工程進度延誤為由，宣布延後通車一年。由於高鐵曾簽署三方合約，一旦台灣高鐵未依約募集資金，銀行團即可啟動強制收買機制，要求政府依三方合約規定買回高鐵。而根據合約，高鐵在94年9月必須完成75億元特別股募集，惟由於原始股東無力募集，再度求助於政府。行政院院長謝長廷表示：「政府不一定要買下高鐵，但可以成為最大股東。」在行政院主導下，中華航空發展基金會與中國技術服務社分別出資45億與30億投入高鐵。公營事業與法人一再增資，致使政府對高鐵持股高達30％，成為最大股東，不但違反獎參與促參條例，也不符高鐵BOT精神。
就中鋼投資高鐵一事，監察院調查報告指出：「林文淵以公股代表身分出任中鋼公司董事長，任內不但同時兼任高鐵公司董事（年支酬勞約一百餘萬元），並對高鐵公司展延通車、更換機電系統負擔鉅額賠償等不利消息及其他董事反對意見置若罔聞，三次主導投資高鐵公司特別股，總金額高達五十七億元，立場偏失，有虧公股代表之職守，中鋼公司於九十七年度認列投資損失四十七億餘元，嚴重損害公股權益，主管機關（先後為經濟部及財政部）事前既未能查明防處，率予核准，事後又無法追蹤督辦，任令損失擴大，核有怠失。惟林文淵因非屬公務員懲戒法之公務員（見司法院大法官釋字第三○五號解釋），並非本院職權行使之對象，其涉有背信及圖利罪嫌部分，監察院將函請法務部移送該管司法機關偵辦之。」另外就中技社投資高鐵乙事，監察院調查發現：「中技社原董事長黃輝珍因不同意投資高鐵公司特別股三十億元案而辭職，該投資案係屬重要事項之討論，應於會議前十日，將議程通知全體董事，並報經濟部，該部得派員列席。惟查該投資案以臨時動議提出，程序顯然未符規定。且該社出售報酬率達22.27%之中鼎公司股票予外資（摩根士丹利亞洲直接投資部MSPEA），持股比例從35%驟降為10%，致喪失中鼎公司之控制權，將國內最重要之工業工程公司拱手讓與外商，對國內工程產業之影響十分深遠，反而轉投資高鐵公司投資特別股息4.75%之高鐵公司，決策並非以該財團法人本身之利益為考量顯非合理。該投資案既不合原捐助目的及章程規定，且程序上亦有重大瑕疵，經濟部皆恝置不理，因循寬假，並率予備查，審查徒具形式，自有違失。」
（四）迴避立法院監督與獎參促參條例限制
當時行政院長謝長廷在增資後召開「高鐵應變小組」會議，將原本再增加三席官股董事主導高鐵董事會的構想，改為增設二席官股董事，另一席董由高鐵公司及交通部協商產生，規避了高鐵由政府主導的局面。表面上看，高鐵仍維持BOT案，實質上卻是由政府主控的準國營事業。換言之，高鐵BOT案屬性已不復存在。行政院透過法人出資，既迴避了立法院監督，也規避了促參與獎參條例國營事業投資高鐵之上限。
