中國最早的環境記者戴靜在其1994年著作《揚子！揚子！》（Yangtze! Yangtze!（註））寫下，許多代表幾乎是在準備投票時，才第一次看到有關三峽大壩工程的動議。當時的吉林省人大代表之一楊新人表示：「大多數代表都不知道這項工程的技術內容，就是閉著眼睛投票而已。」
無論如何，工程仍在1994年開始動工。
農民沒前景、古蹟沉水底
三峽大壩的爭議不只在控制洪患的能力高低，社會整體成本也是最為人詬病的部分。整個工程淹沒了長江2座城市、114座小鎮與1680座村莊，超過120萬人被迫遷移，光是移民經費就佔去總計劃45%。
反對三峽工程的重要人物、旅德水利專家王維洛曾指出，隨著水位逐年上升、地層變軟等因素，三峽工程移民歷經至少2至3次的搬遷，但獲得補助只有政府宣傳的1/3。根據中國科學院研究，因為工程而遷移的農民平均收入驟減20%以上，許多人落入無田可種、無工可做、沒有出路的「三無」狀態。2013年，中共當局首次承認，部分補助款項已被官員詐領或不當使用。
此外，三峽大壩不僅淹沒峽谷與良田，也造成至少1200處古蹟名勝從此沒入水下，大批學者奔走搶救也於事無補，包括白鶴梁、大昌古鎮和屈原的故鄉秭歸縣城都盡數沉入水底。部分建築物如張飛廟、屈原祠等古建築遭到遷移，但千年歷史風貌完全無法複製。
地震頻率增加18倍
最糟的是，三峽大壩造成嚴重的地理與生態衝擊，包括淤泥堆積於水庫，造成水質惡化，大規模開山破土也影響植被生態；中國官媒新華社還曾報導，水壩大幅增加地表壓力，容蓄水量又侵蝕土層邊緣，地震、土石流都變得更頻繁。
2003年，三峽大壩剛開始蓄水時就曾發生崩塌事件，當時水庫水位僅約135公尺，卻出現數起小型土石流，幾個星期後，一大片山頭突然崩落掉進江裡，毀掉了346棟房屋、造成20餘艘船隻翻覆，至少造成24人死亡。而根據中國地震局統計，從2003年至2009年之間，三峽水庫沿岸記錄下3429起小型地震，但在2000年至2003年間僅紀錄到94起地震，足足增加18倍。
新華社還曾報導，三峽大壩在2003年開始蓄水後沒幾天，就被揭露壩身出現多達80餘條裂縫，但當局卻說裂縫只會漏水，對水壩本身的安全性不構成威脅。對於還記得河南「75.8」潰壩事件（又稱駐馬店水庫潰壩）的中國人民而言，這些裂縫漏出的其實是恐懼。1975年8月颱風尼娜導致的特大暴雨衝擊下，河南省共62座水庫集體潰壩，一口氣淹沒了30縣市、680萬座房屋，官方統計的死亡數字就有2萬6千人，但若加上後續瘟疫、飢荒等影響，受災人數不知高出多少倍。
