辛苦談判成果被說是「讓利」
一○年的四月開始談判早收清單，陸委會擬定的我方策略與政策，強調要讓中小企業、農漁業先在早收清單獲利，才能接近台灣民意。賴幸媛透露，時任總統的馬英九五月下旬指示工具機、運輸工具零件、石化等部分項目必須納入早收清單，馬當時在內部會議說：「如果這幾項沒有拿到，無法向台中鄉親交代，不如不簽！」
陸委會還爭取到十八項農產品（例如文心蘭、茶葉、石斑魚、虱目魚等）列入早收清單，這些陸方原本都不讓，後來我方好不容易拿到，她說：「那是痛苦的談判過程。」
我方ＥＣＦＡ專案小組頂著龐大壓力，陸委會與國台辦「管道」密集溝通。而對岸的國台辦和商務部的立場不同，也幾度差點擦槍走火。因我方的定性與策略，對岸官員在談判時也強調：「早收清單特別重視中南部和中小企業。」
有次廟口下鄉宣講ＥＣＦＡ，賴幸媛南下深綠大本營的台南，在「門打開，阮顧厝」的大背板前，來了比預期更多的民眾，經過誠懇溝通，有原本反對ＥＣＦＡ的婦女在聽完後，抱住賴幸媛流淚直說：「很感動！」
最後ＥＣＦＡ於一○年六月二十九日在重慶的第五次江陳會談簽署，成了兩岸歷史性的協議。
外界總會說ＥＣＦＡ是大陸對台「讓利」，但賴幸媛不以為然地說，這些談判成果都是談判團隊辛苦爭取來的，「根本不是讓利！」因此這些來之不易的談判成果，格外值得珍惜。
一○年時任民進黨主席的蔡英文曾批評ＥＣＦＡ是「糖衣毒藥」，也是「喪權辱國的不對稱條約」；綠營人士更酸說：「查甫找嘸工，查某找嘸尪，囝仔要去黑龍江。」
這些批評，賴幸媛認為，台灣民意在ＥＣＦＡ談判扮演很重要的角色。她說：「當時反彈壓力很大，有遊行示威，也有公投。這些力量是我們要和大陸談判很大的助力，因為兩岸協議需要符合台灣民意。」後來ＥＣＦＡ的支持度也逐步走高。
反對陣營的抗議行動成談判助力
在ＥＣＦＡ上路的隔年（一一年），蔡英文投入總統大選，對ＥＣＦＡ的態度很明顯轉變，已不再提公投廢ＥＣＦＡ的說法，而且對ＥＣＦＡ的後續，她表示當選後願意「概括承受」。
從兩岸溝通過程中，賴幸媛逐漸發現：「王毅的回應很積極，他對中共高層有相當的影響力。」兩岸簽署ＥＣＦＡ，可說是胡錦濤任內對台工作的重要政績，也是王毅對台工作的亮麗成績單，王毅也因此在中共官場水漲船高。
後來在每周兩岸小組的會議後，馬英九有時會私下跟賴幸媛說：「幸媛，這件事你就去處理。」賴幸媛就明白這個暗語，也就是要透過這個「管道」去解決問題。
賴幸媛和王毅合作完成了十八項兩岸協議，最重要一項就是ＥＣＦＡ。賴幸媛說：「這個管道，可讓我們再確認情報，所有疑難雜症的政治決定，都由這個管道最終拍板。」
