對許多國民黨人來說，李登輝最不可饒恕的過錯，並非扶植反對黨或是「去統偏獨」走隱性台獨路線，而是他一手造成國民黨三次大分裂，嚴重削弱國民黨的力量，才讓民進黨在二○○○年總統大選有機可乘。
心中揮之不去的政爭陰影
第一次分裂是一九九○年的主流、非主流之爭。表面上，這次鬥爭並未造成黨的裂解，但這是國民黨遷台以來，黨內首度爆發各自選邊的大規模權鬥。擁李主流派訴求本土化、台灣化，與外省菁英為主的反李非主流人士對決，讓這場政爭沾染濃厚省籍情結，更埋下日後國民黨實質分裂的種子。
一九八八年一月蔣經國逝世，副總統李登輝雖依法繼任總統，但接掌黨權過程卻是阻力重重，國民黨中常會拖延了兩周才召開。雖經宋楚瑜在中常會臨門一腳，讓李順利成為代理黨主席，但他與既有國民黨勢力的矛盾也急速惡化。
同年七月的國民黨十三全會，擁李派順利壓制趙少康等青壯派以黨內民主為名的票選訴求，仍以傳統起立鼓掌通過李為黨主席。據李登輝多年後透露，以林洋港、李煥等人為首的非主流勢力試圖復辟，一直是他心中揮之不去的陰影。
九○年李登輝打算連任總統，提名總統府秘書長李元簇為副手，因黨內大老不認同而引爆「二月政爭」。
李登輝最終在這場政爭驚險勝出，國民黨提名李元簇為副總統人選，但鬥爭戰場卻轉移到選舉總統的國民大會。非主流推出林洋港、蔣緯國的「林蔣配」，與國民黨提名的「雙李配」競逐。
李登輝動員民間力量反制，不惜形塑外省人欺負台灣人總統的氛圍，國民黨地方派系、大學生也紛紛動員挺李，「林蔣配」無力抗衡只得退選。
李登輝風光當選後，接著提名號稱與他肝膽相照的國防部長郝柏村出任行政院長，取代非主流大老李煥，有效瓦解了非主流勢力。
李郝政爭逼出新黨成立
李登輝雖在主流、非主流之爭中大獲全勝，確立黨政第一人的地位，但過程中動用省籍及地方派系當鬥爭武器，無可避免在黨內造成嚴重後遺症。
九二年底立委選舉，國民黨受主流、非主流之爭餘波影響失利，挺李的集思會立委幾乎全軍覆沒，而趙少康等人組成的新國民黨連線，挺郝反李色彩鮮明，卻大多高奏凱歌。
九三年，李登輝決心逼退郝柏村，二月郝在國民大會受辱後宣布辭職，新國民黨連線也決與李登輝的國民黨分道揚鑣。同年國民黨十四全會召開前，趙少康等人出走成立「新黨」。
這是當時仍一黨獨大的國民黨首度面臨正式分裂。新黨獲得外省、軍系及都會中產選民支持，有效侵蝕了國民黨傳統選票版圖，連黃復興鐵票都被動搖流失近半。
影響所及，當年的台北縣長選戰到九四年台北市長選舉，新黨提名的候選人都展現強大破壞力，讓國民黨提名的蔡勝邦、黃大洲苦嘗敗績。
尤其台北市長一役，趙少康旋風一舉拿下四十二萬餘票，硬把黃大洲擠到第三名，開啟政壇國、民、新三黨分立的時代。國、新之爭更讓坐收漁翁之利勝選的陳水扁，取得日後問鼎大位的機會。
或許新黨出走對如日中天的李登輝只造成皮毛之傷，甚至黨內本土派還認為，趙少康等外省勢力離開後，反而有利於黨的團結、落實本土化路線，整體而言對國民黨反而是加分。
惟九七年的凍省風波，導致省長宋楚瑜與情同父子的李登輝反目，第三次的分裂對李登輝及國民黨而言，可就是傷筋斷骨的重傷害了。
葬送還是續命國民黨？
兼具政治謀略及基層實力的宋楚瑜，九九年決定投入總統大選，與國、民兩黨候選人連戰、陳水扁分庭抗禮，分裂的國民黨對抗團結的民進黨，也敲響了國民黨政權的喪鐘。
雖說李登輝當家期間三次大分裂，讓國民黨江山易手，藍營上下也對李恨之入骨，但在綠營及本土人士眼中，若非有李登輝力推本土化路線，脫離草根的外省權貴國民黨或許早被民進黨取代。如今李登輝已逝，他與國民黨十二年的恩怨情仇，是毀黨或是救黨？終究難有定論，一切俱往矣！
