參謀本部同時也接管了各級軍事學校，包括：砲兵與工程兵學校、9個軍官學校、7個國防幹部學校、射擊學校、步兵教導營、馬術學校、砲兵射擊學校（柏林）、軍醫與獸醫學院（柏林）。另外加上一套完整的士官教育體系：每個師設有自己的學校，提供士官3年的教育課程。1890年時，每個師有超過400人爭取150個名額。如果以20個野戰軍、每個軍2-3個師來計算，一年可以訓練將近9千名士官。團級的學校則提供士官砲術、工程、地圖測繪等技術訓練。柏林的砲兵與工程兵學校每年接收800名士官，提供水利工程、測地、建築製圖、軍事工程、戰史、化學、與法語等課程。士官體系之下還有軍方的孤兒院，提供基礎教育課程，畢業後可以士官身份入伍，服役至少6年。
瓦德西在1880年代推動了第二階段的軍事教育改革。雖然身為傳統普魯士軍事貴族，在其軍旅生涯中受到家族與個人關係網路的幫助很大；但在軍中人事升遷上，他極為重視部隊上級為初級軍官所寫的評鑑報告，而非當事人的身世背景。他也要求軍官的作戰命令必須合乎文法規則與教範格式。他明訂參謀本部的軍官必須擁有中等教育卒業文憑（Abitur）的基本資格，在他任期結束時，已有超過一半的參謀軍官取得這項資格。德皇軍事內閣的成員對戰爭學院嚴格的入學考試十分不滿，因為許多年輕貴族軍官因為考試失利而失去升遷機會。但是瓦德西與當時的戰爭部長反而認為入學標準還不夠高，必須杜絕關說與推薦入學的陋習。結果瓦德西在這場角力中失敗，有力的貴族依舊可以在家族庇蔭下高升。1891年錄取戰爭學院的軍官中，210名為步兵兵科、35名騎兵、56名砲科、11名為工兵，年齡介於23-38歲，擁有5-16年服役年資。
1888年的戰爭學院課程顯示，人文教育的時代已經結束，實證主義與技術本位取而代之。從教學科目名稱的變化便能理解：戰爭藝術被更名為戰爭科學，教學的目標在培養純粹的軍事專家。由於戰爭學院的教官多由參謀本部支援，而參謀本部的戰史研究本來就著重戰術層面，這就使得戰爭科學課程幾乎全以戰術為主。學生從戰術形式與戰鬥序列的歷史演變開始學起，然後研讀戰場教範與準則。戰史課程則從腓特烈大帝開始，接著是法國大革命與拿破崙戰爭，再到威廉一世的統一戰爭。古代戰爭的內容完全消失，歷史課程的內容是精節版的，第三年的學生也不必再修歷史，而是遵照瓦德西的指示，將多餘時間用在學習科學技術。
從入學開始，戰爭學院的學生就接受參謀本部「工作中學習」的傳統薰陶。學校停課的7-10月期間，學生們進行兵科間的互換訓練，例如步兵軍官到野戰砲兵團實習。還有軍事調查與參謀作業訓練，包括鐵路與後勤業務的學習。最後是與參謀本部例行參謀現調完全相同的3週演習。戰爭學院畢業後進入參謀本部的試用軍官，過去是由老毛奇親自挑選，瓦德西擔任副參謀總長後，就交由各處處長自行決定。試用軍官必須在兵推、年度測考、參謀現調中，與來自部隊參謀部的參謀、第一線單位的軍官、以及參謀本部正式參謀競爭，經過重重考核之後，才有可能獲得正式成員的身份。
