新版《工廠管理輔導法（工輔法）》上路後，經濟部卻未依法公開新增及既有未登記工廠名單及清查數量，且對違章工廠往往怠於執行拆除與斷水斷電。對此，地球公民基金會與其他環團、立委共同呼籲中央和地方，在違章工廠的管理和資訊公開上，應落實清楚規範、資訊透明並嚴格執法。
新版《工輔法》於3月20日上路，但直到6日前，經濟部都未依《工輔法》第28-3條，公開新增及公布既有未登記工廠名單、各縣市與中央執行斷水斷電和目前的拆除情形等資訊。
經濟部中部辦公室在社會壓力之下，於6月30日把「各縣市疑似未登記工廠相關查處執行情形」放上網頁，但僅記載各縣市「已完成數量」，沒有「應完成數量」、地號與工廠名單、樣態等等，顯然不符合「法定公開資訊項目」應記載的內容。
經濟部掌握466家新增建工廠 民間統計2萬406家
經濟部花了7000萬清查各縣市的「新增建工廠數量」，但目前為止也僅能經由立委質詢及媒體報導，才知經濟部掌握的新增建農地違章工廠家數僅有466家。但地球公民基金會比對2016年5月20日之後製造業無工廠登記的企業數，新增的數量至少有2萬406家，且這個數量應是低估，可見與實際情況恐有很大的出入。
時代力量立委陳椒華表示，向經濟部索取資料的過程受到百般推諉。然而，立委都能拿到清查資料了，卻還沒公開在官網給大眾知道，經濟部對於1萬6077家尚未確認的工廠也沒給任何期程。對此，時代力量將再追蹤經濟部今年與往後針對未登記工廠清查工作的預算編列狀況。
「斷水斷電的違章工廠仍有貨車、人員進出」
彰化縣環保聯盟執行秘書吳慧君表示，自2017年至今，彰化環盟與相關團體共同檢舉超過68家疑為農地違建工廠，其中不包含地球公民或民眾檢舉的案件，但經濟部卻只在彰化縣公開執行53家，勒令停工6家、停止供電11家，而這些數字的真實性也令人懷疑。
除此之外，經濟部在2019年7月4日宣布已斷水斷電的12件彰化違章工廠之中，規模最大間的經地球公民基金會勘查後，發現仍有工廠有貨車、機具、工作人員進出，讓環團不禁質問，政府與經濟部勒令停工的工廠到底在哪裡？並呼籲中央若有心要解決農地違章工廠，經濟部應公開查處地號、辦理情形、處分日期等詳細資訊，資訊公開才有意義。
資訊公開、違章該拆就拆 中央和地方竟都做不到
國民黨立委蔣萬安指出，依《工輔法》28-2條規定，「工廠管理輔導會報得邀請專家學者及民間團體代表參與」，但目前會報沒有任何公開預告會議、議程等等資訊，遑論民間代表。蔣萬安呼籲，經濟部應依法詳細公開違法項目與民眾參與會報，不讓違章工廠毒瘤漫延擴散在農地，危害台灣糧食安全。
民進黨立委洪申翰則表示，2016年5月20日後新增的違章工廠本該即報即拆，且除了地方政府對此應有清查責任外，若地方怠於執行，中央政府也應依《工輔法》第28-3條停止供水供電。因此呼籲地方與中央主管機關，都應做到資訊公開透明，「該拆就拆，該斷水斷電就斷水斷電，依法行政」。
台灣民眾黨立委張其祿表示，目前經濟部的中央代行制度相當不明確。《未登記工廠停止供電供水作業程序》中提到，「縣市政府怠於依法執行停止供電、供水者，得經由經濟部工廠管理輔導會報決議後，由經濟部代行處理」，但其中「怠於依法執行」定義模糊。「地方政府3個月只進行十來件斷水斷電、1件拆除，是不是怠於執行？」
「未見任何縣市根據新《工輔法》檢討裁罰基準」
此外，針對中央賦予地方主管機關執行對未登記工廠斷水斷電、以及拆除等管制手段，竟未見任何縣市根據新修訂的《工輔法》重新檢討裁罰基準，以致有些案例仍依一般違建方式處以罰鍰，而非根據新制「依法停止供電、供水及拆除」。
最後，地球公民基金會、彰化縣環境保護聯盟、蠻野心足生態協會及立法委員們共同呼籲，經濟部應依法公開新增及既有未登記工廠名單及清查數量，且各縣市政府應依據《工輔法》更新相關規定，明訂針對新增建工廠之斷水斷電程序。再來，經濟部也要定義何謂「地方政府怠惰」，並開始實施中央代行機制。工廠管理輔導會報的部分，也必須邀請專家學者、民間團體代表參與。經濟部中部辦公室主任郭坤明在跨黨派立委監督下，也已接受環團陳情。
