前總統府副秘書長邱進益觀察，李登輝權力鞏固後，更在意他的歷史定位，他要做中華民族五千年歷史文化的第一個民選總統。在此之前，李開始鋪陳以私人名義訪問美國康乃爾大學之路，希望成為外交史上首位進入美國訪問的台灣現任元首。
「客觀地說，台籍菁英若不是李登輝，無法在蔣經國過世後，進行這麼巨大的民主改革工程與開展兩岸關係。」前總統府副秘書長邱進益如是說。
一九八八至九三年間，邱進益貼身追隨李登輝的四年半時間，也是李進行大改革的四年。
很會用人也很敢給權
邱進益細數李登輝的文治武功，擔任總統十二年多，帶領台灣從威權體制過渡到民主政治，貢獻不可抹滅。他信手拈來，如結束萬年國會到推動國會改選、宣告終止動員戡亂時期、廢止臨時條款、修憲將總統任期改為四年及總統首度直選。
他說，李任內加速台灣經濟成長、擴充國防力量，包括F-16V、幻象2000、拉法葉艦等，都是李登輝的貢獻。另一貢獻就是啟動兩岸關係，包括成立國統會、訂定國統綱領、起草一個中國涵義、建立海陸機構體系、舉行辜汪會談等。
邱進益指出，李登輝在蔣經國過世後突然挑起國政重擔，手上沒一槍一彈，從權力基礎不穩走到權力鞏固，再順勢掌握民意興起的野百合運動，從而收割野百合四大訴求，借力使力，召開國是會議以凝聚民意，成為推動民主改革的起手式與依據。
在總統府四年半期間，邱進益就近深入觀察李登輝，李也很重視邱的建言。邱進益說，李很崇拜德川家康「忍的哲學」，在他尚未能當權時，「板凳可以坐三分一」，時機成熟該出手時，就拿出日本武士道的快刀手法，讓對手一刀斃命。
邱進益透露，李登輝很有政治手腕，很會用人也很敢給權。「在郝柏村對外發表將組閣的那一天，蘇志誠（時任總統府辦公室主任）跑到我辦公室向我說，從這一天開始就是李總統真正統治的時刻。」
李登輝與郝柏村關係的疏遠、惡化，除種因於外界所知的蔣仲苓事件，李也認為郝不懂得政治分際，如前立委葉菊蘭舉發郝，當上行政院長還在主持軍事會議。
另一件引起李對郝警覺的事件是金門協議。郝剛接閣揆不久，即囑前紅十字會秘書長陳長文與大陸代表韓長林於金門簽署所謂的《金門協議》，執行海上刑事犯遣返等事宜。
中國問題的看法承襲日本人
李認為金門是戰地，郝怎可以命令軍方，讓共產黨進來軍事重地？到底三軍統帥是誰？《金門協議》這麼大的事，郝事先怎沒跟李報告──直到陳長文將協議公文報府，李才警覺並質疑郝的動機。但郝辯稱事先有口頭向李說過，是李忘了。
邱進益說，此事從結果看是好的，但程序上有很大缺陷。此事也讓李登輝感受到統帥權的有效行使，是李「直接想與大陸交涉的關鍵」。李後續派出兩岸密使去接觸、談判，如蘇志誠、鄭淑敏到香港，曾永賢、張榮豐到珠海、北京密訪等。九一、九二年蘇志誠的香港會談，對岸也確認李在兩岸關係的地位。
