對於雙邊的摩擦，北農人士分析，日前由雙方講好「董事長市府派任、總經理農委會派任」的默契，恐怕也會因總經理人選認知的問題，讓陳景峻這位有共識的董事長，出現變卦，當不成董事長。
事實上，5日上午當眾多股東投票選董事時，以陳景峻為首的市府派與挾民進黨中央態度出席的劉聖鴻，展開為時近2小時的閉門會，雙邊人馬不時走進又走出協商室，面色凝重，哈菸舒壓，陳景峻也數度打電話給柯文哲請示，中途甚至由陳景峻將包括市場處長許玄謀等一整批市府人馬帶離會議室商討對策，又再度回到談判桌。
北市府、民進黨談不攏 董總座人事流產
劉聖鴻表示，他在閉門會上，幾度詢問，雙邊合作的條件是什麼？是不是能依照1個月前的共識，今日一併達陣董座與總經理？陳景峻卻當面表達「晚幾天再召開董事會怎麼樣？」雙方談不攏，劉也才會對依慣例需接續召開的董事會喊「卡」。
此外，據了解，劉聖鴻不召開董事會選常董與董事長的另一個原因，在於農委會方面對於柯市府屬意的總經理人選郭萬清是一頭霧水，頻頻詢問到底郭是哪號人物，因市府雖曾向民進黨提過郭萬清之名，卻從未大力向綠營推薦，今日突然堅持起來，讓黨中央頻頻透過管道詢問，「為何是郭？」
從上述現象，可以發現柯與民進黨雖在董事會選舉大局上合作，但在關鍵的董座與總經理大位上，眼見張派票數已不如市府與農委會，張派就淪為次要敵人，面對主要敵人民進黨，已不願全盤合作。
據市府內消息指出，事實上，柯文哲近期眼見蔡英文領導的民進黨中央政府聲勢驟降，民調下滑，確實一反過去與綠營「當然要合作」的態度，柯私下直言，在北農的事情上要走自己的路，亦即北市府要從中獲取最大的利益，在身邊幕僚聽來，聞到了柯有意與民進黨「分道」，甚至見柯市府人馬數度與張派巨頭見面，張派又公開相挺柯的諸多表現即可發現，柯文哲似有意重演去年讓「民進黨輸到脫褲」，並「與張派合作」的第二集，亦即柯文哲不無可能將手上掌握的9席董事與張派的5席合作，拿下公司實質經營權。
對於柯文哲諸多作為，民進黨主導的農委會不是沒有警覺，為了掌握議事主導權，近期也刻意運作股東票數，灌票給農委會主委秘書劉聖鴻，因此，票數一飛沖天，較其他所有董事足足多出2倍，達15萬，有意掌握主導權的態度鮮明，以此抗衡柯文哲的從中作梗，可見雙方的不信任程度，持續累積中。
