但外界觀察到，兩人近來就北韓、阿富汗、俄羅斯等對外議題產生了不可調和的矛盾，波頓的立場更為好戰，川普則更傾向於達成協議。
實際上，川普和波頓早在2003年伊拉克戰爭問題上就立場完全對立。
川普認為那是布希政府犯的一個嚴重錯誤，而波頓被認為替那場戰爭充當熱情洋溢的啦啦隊長。
肯塔基州共和黨參議員蘭德・保羅（Rand Paul）曾在一篇專欄文章中稱波頓「不顧一切地把美國在過去15年中犯下的幾乎所有外交政策錯誤都重覆了一遍」。
I informed John Bolton last night that his services are no longer needed at the White House. I disagreed strongly with many of his suggestions, as did others in the Administration, and therefore....
— Donald J. Trump (@realDonaldTrump) September 10, 2019
I informed John Bolton last night that his services are no longer needed at the White House. I disagreed strongly with many of his suggestions, as did others in the Administration, and therefore....
— Donald J. Trump (@realDonaldTrump) September 10, 2019
I offered to resign last night and President Trump said, "Let's talk about it tomorrow."
— John Bolton (@AmbJohnBolton) September 10, 2019
早有苗頭
川普與波頓的不和在最後翻臉前早有苗頭。2019年7月，川普在日本G20峰會上與外國元首談笑風生、突然與朝鮮領導人金正恩在朝韓邊境見面時，作為國家安全顧問的波頓，居然被派往對美國外交來說優先權重較低的蒙古。
雖然白宮稱，波頓的蒙古之行是早先計劃的，美國媒體仍將此解讀為波頓被川普「打入冷宮」。
川普2019年初還曾指責波頓試圖將美國拖入與委內瑞拉的戰爭。
實際上波頓沒有像布希時代那樣享有進入白宮內部小圈子的機會。據《紐約時報》報導，川普有時會把他稱為「邁克」，而不是約翰。
在波頓離職前幾個月，媒體多次披露他被排除在白宮重要會議之外。
美國有線電視新聞網（CNN）曾報道，波頓與國務卿龐畢歐在國際議題上爭奪政策話語權，幾個星期內兩人互相沒有說過一句話。波頓與白宮代理幕僚長馬爾瓦尼（Mick Mulvaney）的關係也冰凍三尺。
他辭職前幾天，川普政府剛取消了與阿富汗政府、神學士的三方和談，該談判因定在接近「911」恐襲週年紀念日之時而飽受爭議。
波頓早前堅決反對與神學士談判，CNN的報導稱，龐畢歐及其他幕僚則支持達成協議。
