第二，大量古蹟名勝從此沒入水下。三峽是著名風景名勝區，蓄水後景觀削弱，外界也多半認為景致不再，三峽的旅遊業大不如前。且長江文明和黃河流域文明並駕齊驅，已知的文物古蹟就有1200多個，興建期引來全球學者搶救，但仍有太多古蹟無法移走，包括白鶴梁、大昌古鎮和愛國詩人屈原的故鄉──秭歸縣城都盡數沉入水底。雖然張飛廟、屈原祠等古建築被成功遷移，但千年歷史風貌也無法複製。
更糟的是，淹沒了眾多文明瑰寶後，三峽大壩的功效也遠不如計畫。一生堅持反對三峽工程的清華大學水利系教授黃萬里（1924─2011）曾指出，三峽大壩的優點言過其實。黃萬里在80年代就預言，三峽大壩截斷沙流，沉積物將堵塞住重慶港航道，更會造成洪水抬高水位，上游一帶低漥縣市的數十萬人口，可能一次洪峰就會全數淹沒，防洪效果全無。
自然生態層面，三峽大壩讓淤泥堆積於水庫，造成水質惡化，大規模開山破土不僅影響魚類、植被等生態，更嚴重增加對地表的壓力，地震變得更為頻繁。上游森林遭大量砍伐，下游平原區也「圍湖造田」，有蓄水功能的洞庭湖等急遽縮小，與日俱增的人口用電量更遠超過發電量，原本僅雨季易出現洪水的長江中下游，開始每幾年就出現嚴重氾濫，2016年6月更在江蘇、河南、湖北、湖南、廣西、四川、雲南等11個省引發洪災，造成164人死亡、26人失蹤，受災戶高達3000萬人。
2011年，王維洛發表《早拆比晚拆好，晚拆就拆不了》一文，警告政府再不拆除大壩，未來除了花費更大，淤積更多的泥沙可能迫使長江改道，危害下游城市。中國政府也不得不承認三峽大壩的缺點，2013年中共國務院頒布並執行《長江三峽水利樞紐安全保衛條例》，《長江中下游流域水污染防治規劃》，開始針對三峽大壩和長江流域整治，但至今仍未有具體計畫。
